inst/doc/LMGene.R

In LMGene: LMGene Software for Data Transformation and Identification of Differentially Expressed Genes in Gene Expression Arrays

### R code from vignette source 'LMGene.Rnw'

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### code chunk number 1: LMGene.Rnw:49-52
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library(LMGene)
library(Biobase)
library(tools)


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### code chunk number 2: LMGene.Rnw:56-57
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data(sample.eS)


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### code chunk number 3: LMGene.Rnw:62-67
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slotNames(sample.eS)
dim(exprs(sample.eS))
exprs(sample.eS)[1:3,]
phenoData(sample.eS)
slotNames(phenoData(sample.eS))


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### code chunk number 4: LMGene.Rnw:79-83
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data(sample.mat)
dim(sample.mat)
data(vlist)  
vlist


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### code chunk number 5: LMGene.Rnw:87-89
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test.eS<-neweS(sample.mat, vlist)
class(test.eS)


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### code chunk number 6: LMGene.Rnw:103-105
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tranpar <- tranest(sample.eS)
tranpar


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### code chunk number 7: LMGene.Rnw:112-114
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tranpar <- tranest(sample.eS, 100)
tranpar


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### code chunk number 8: LMGene.Rnw:124-128
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trsample.eS <- transeS(sample.eS, tranpar$lambda, tranpar$alpha)
exprs(sample.eS)[1:3,1:8]
exprs(trsample.eS)[1:3,1:8]


###################################################
### code chunk number 9: LMGene.Rnw:136-138
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tranparmult <- tranest(sample.eS, mult=TRUE) 
tranparmult


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### code chunk number 10: LMGene.Rnw:143-145
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trsample.eS <- transeS (sample.eS, tranparmult$lambda, tranparmult$alpha)
exprs(trsample.eS)[1:3,1:8]


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### code chunk number 11: LMGene.Rnw:150-152
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tranparmult <- tranest(sample.eS, ngenes=100, mult=TRUE, lowessnorm=TRUE) 
tranparmult


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### code chunk number 12: LMGene.Rnw:158-160
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tranpar <- tranest(sample.eS, model='patient + dose + patient:dose')
tranpar


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### code chunk number 13: LMGene.Rnw:178-180
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trsample.eS <- transeS (sample.eS, tranparmult$lambda, tranparmult$alpha)
ntrsample.eS <- lnormeS (trsample.eS) 


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### code chunk number 14: LMGene.Rnw:186-187
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sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS)


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### code chunk number 15: LMGene.Rnw:192-193
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sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS,level=.01)


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### code chunk number 16: LMGene.Rnw:202-204
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sigprobes <- LMGene(ntrsample.eS, model='patient+dose+patient:dose')
sigprobes