inst/doc/OrganismDbi.R

In OrganismDbi: Software to enable the smooth interfacing of different database packages

### R code from vignette source 'OrganismDbi.Rnw'

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### code chunk number 1: columns
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library(Homo.sapiens)
columns(Homo.sapiens)


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### code chunk number 2: keys
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keytypes(Homo.sapiens)


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### code chunk number 3: keys
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head(keys(Homo.sapiens, keytype="ENTREZID"))


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### code chunk number 4: select
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k <- head(keys(Homo.sapiens, keytype="ENTREZID"),n=3)
select(Homo.sapiens, keys=k, columns=c("TXNAME","SYMBOL"), keytype="ENTREZID")


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### code chunk number 5: transcripts
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transcripts(Homo.sapiens, columns=c("TXNAME","SYMBOL"))


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### code chunk number 6: transcriptsBy
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transcriptsBy(Homo.sapiens, by="gene", columns=c("TXNAME","SYMBOL"))


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### code chunk number 7: setupColData
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gd <- list(join1 = c(GO.db="GOID", org.Hs.eg.db="GO"),
           join2 = c(org.Hs.eg.db="ENTREZID",
                     TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene="GENEID"))


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### code chunk number 8: makeOrganismPackage (eval = FALSE)
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## destination <- tempfile()
## dir.create(destination)
## makeOrganismPackage(pkgname = "Homo.sapiens",
##   graphData = gd,
##   organism = "Homo sapiens",
##   version = "1.0.0",
##   maintainer = "Package Maintainer<maintainer@somewhere.org>",
##   author = "Some Body",
##   destDir = destination,
##   license = "Artistic-2.0")