inst/doc/RCASPAR.R

In RCASPAR: A package for survival time prediction based on a piecewise baseline hazard Cox regression model.

### R code from vignette source 'RCASPAR.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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options(width = 40)


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### code chunk number 2: RCASPAR.Rnw:30-31
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library(RCASPAR)


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### code chunk number 3: pltprior
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pltprior(q=1, s=1)



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### code chunk number 4: pltgamma
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pltgamma(a=1.558,b=0.179)


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### code chunk number 5: STpredictor_BLH
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data(Bergamaschi)
data(survData)
result <- STpredictor_BLH(geDataS=Bergamaschi[1:27, 1:2], survDataS=survData[1:27, 9:10], geDataT=Bergamaschi[28:82, 1:2], 
survDataT=survData[28:82, 9:10], q = 1, s = 1, a = 1.558, b = 0.179, cut.off=15, groups = 3, method = "CG", noprior = 1, 
extras = list(reltol=1))


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### code chunk number 6: kmplt_svrl
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kmplt_svrl(long=result$long_survivors, short=result$short_survivors,title="KM plot of long and short survivors")


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### code chunk number 7: survivAURC
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survivAURC(Stime=result$predicted_STs$True_STs,status=result$predicted_STs$censored, marker=result$predicted_STs$Predicted_STs, time.max=20)


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### code chunk number 8: logrank
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logrnk(dataL=result$long_survivors, dataS=result$short_survivors)