inst/doc/RDavidWS-vignette.R

In RDAVIDWebService: An R Package for retrieving data from DAVID into R objects using Web Services API.

### R code from vignette source 'RDavidWS-vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: General R options for Sweave
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options(prompt="R> ", continue="+  ", width=70, useFancyQuotes=FALSE, digits=4)


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### code chunk number 2: Loading library
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suppressMessages(library("RDAVIDWebService"))


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### code chunk number 3: TermCluster1
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library("RDAVIDWebService")
fileName<-system.file("files/termClusterReport1.tab.tar.gz",
  package="RDAVIDWebService")
untar(fileName)
termCluster<-DAVIDTermCluster(untar(fileName, list=TRUE))
termCluster
head(summary(termCluster))


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### code chunk number 4: plot2Dview
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clustNumber<-2
plot2D(termCluster, clustNumber)


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### code chunk number 5: plotGO
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davidGODag<-DAVIDGODag(members(termCluster)[[clustNumber]], 
  pvalueCutoff=0.1, "CC")
plotGOTermGraph(g=goDag(davidGODag),
  r=davidGODag, max.nchar=40, node.shape="ellipse")


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### code chunk number 6: Session Info
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sessionInfo()