Nothing
### R code from vignette source 'RDavidWS-vignette.Rnw'
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### code chunk number 1: General R options for Sweave
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options(prompt="R> ", continue="+ ", width=70, useFancyQuotes=FALSE, digits=4)
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### code chunk number 2: Loading library
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suppressMessages(library("RDAVIDWebService"))
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### code chunk number 3: TermCluster1
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library("RDAVIDWebService")
fileName<-system.file("files/termClusterReport1.tab.tar.gz",
package="RDAVIDWebService")
untar(fileName)
termCluster<-DAVIDTermCluster(untar(fileName, list=TRUE))
termCluster
head(summary(termCluster))
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### code chunk number 4: plot2Dview
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clustNumber<-2
plot2D(termCluster, clustNumber)
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### code chunk number 5: plotGO
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davidGODag<-DAVIDGODag(members(termCluster)[[clustNumber]],
pvalueCutoff=0.1, "CC")
plotGOTermGraph(g=goDag(davidGODag),
r=davidGODag, max.nchar=40, node.shape="ellipse")
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### code chunk number 6: Session Info
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sessionInfo()
Any scripts or data that you put into this service are public.
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.