inst/doc/samplesize.R

In RNASeqPower: Sample size for RNAseq studies

### R code from vignette source 'samplesize.Rnw'

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### code chunk number 1: premable
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options(width=60, continue=" ")
options(SweaveHooks=list(fig=function() par(mar=c(5.1, 4.1, .3, 1.1))))
latex.list <- function(mat, digits=2, label= TRUE, ...) {
    dname <- dimnames(mat)
    if (length(dname[[2]]) & label) 
        cat('&', paste(dname[[2]], collapse=' &'), '\\\\\n')
    
    temp <- format(mat, digits=digits, trim=TRUE, ...)
    temp <- ifelse(temp=='NA', ' ', temp)
    rname <- dname[[1]]
    for (i in 1:nrow(mat)) {
        if (length(rname) && label)
            cat(rname[i,], ' & ', paste(temp[i], collapse=' & '), '\\\\\n')
	else  cat(paste(temp[i,], collapse=' & '), '\\\\\n')
	}
    invisible(NULL)
    }


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### code chunk number 2: samplesize.Rnw:116-119
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library(RNASeqPower)
rnapower(depth=20, cv=.4, effect=c(1.25, 1.5, 1.75, 2), 
        alpha= .05, power=c(.8, .9))


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### code chunk number 3: samplesize.Rnw:127-135
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rnapower(depth=100, cv=.4, effect=c(1.25, 1.5, 1.75, 2), 
        alpha= .05, power=c(.8, .9))         

rnapower(depth=1000, cv=.4, effect=c(1.25, 1.5, 1.75, 2), 
        alpha= .05, power=c(.8, .9))         

rnapower(depth=20, cv=.3, effect=c(1.25, 1.5, 1.75, 2), 
        alpha= .05, power=c(.8, .9))         


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### code chunk number 4: samplesize.Rnw:148-150
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rnapower(depth=8, n=10, cv=0.1, effect=c(1.5, 1.75, 2),
         alpha=.05)