STROMA4-vignette.R
In STROMA4: Assign Properties to TNBC Patients

### R code from vignette source 'STROMA4-vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: STROMA4-vignette.Rnw:44-48
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if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
    install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install("STROMA4")
library("STROMA4")


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### code chunk number 2: STROMA4-vignette.Rnw:53-55
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library(breastCancerMAINZ)
data(mainz, package='breastCancerMAINZ')


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### code chunk number 3: STROMA4-vignette.Rnw:59-60
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head(fData(mainz)[, "Gene.symbol", drop=FALSE])


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### code chunk number 4: STROMA4-vignette.Rnw:72-74
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just.stromal.properties <- assign.properties(ESet=mainz, geneID.column="Gene.symbol",
                          genelists="Stroma4", n=10, mc.cores=1)


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### code chunk number 5: STROMA4-vignette.Rnw:81-83
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just.lehmann.properties <- assign.properties(ESet=mainz, geneID.column="Gene.symbol",
                          genelists="TNBCType", n=10, mc.cores=1)


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### code chunk number 6: STROMA4-vignette.Rnw:90-92
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all.properties <- assign.properties(ESet=mainz, geneID.column="Gene.symbol",
                genelists=c("Stroma4", "TNBCType"), n=10, mc.cores=1)


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### code chunk number 7: STROMA4-vignette.Rnw:100-102
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property.cols <- grepl('properties', pData(all.properties))
print(apply(pData(all.properties)[, property.cols], 2, table))


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### code chunk number 8: STROMA4-vignette.Rnw:111-121
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property.cols <- paste0(c('T', 'B', 'D', 'E'), '.stroma.property')
patient.subtypes <- pData(just.stromal.properties)[, property.cols]

for(i in c('T', 'B', 'D', 'E'))
  patient.subtypes[, paste0(i, '.stroma.property')] <-
    paste0(i, '-', patient.subtypes[, paste0(i, '.stroma.property')])

patient.subtypes <- apply(patient.subtypes, 1, paste, collapse='/')

print(head(patient.subtypes))