R/frequencyHM.R

In SVM2CRM: SVM2CRM: support vector machine for cis-regulatory elements detections

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### METHOD: frequencyHM
### CLASS: --------
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### Compute the frequency of the histone marks after tuning of parameters (tuningParametersComb)
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### INPUT
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###     - tuningTABfilter: a data.frame from tuningParametersComb
### OUTPUT
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###     - A vector which the frequencies of the histone marks
###     
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frequencyHM<-function(tuningTABfilter){

    frequencyHM<- NULL
    for (i in unique(tuningTABfilter[,1])){
    print(i)
    select<-tuningTABfilter[which(tuningTABfilter[,1]==i ),]
    string3<-as.character(gsub(select[,4],pattern="//",replacement=","))
    STRING<-strsplit(string3,split=",")
    string<-unlist(STRING)
    frequencyHM<-c(frequencyHM,string)
    }

    return(frequencyHM)

}