R/AllGlobals.R

In ddCt: The ddCt Algorithm for the Analysis of Quantitative Real-Time PCR (qRT-PCR)

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## This software is created by Molecular Genom Analysis Group
## Department of German Cancer Research Center in Heidelberg
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##  AllGlobals.R
##  Created on: Oct 23, 2008
##      Author: Rudolf Biczok <r.biczok@dkfz-heidelberg.de>
##      Description: Some global definitions
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## syntax of ddCt parameters
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PARAM.SYNTAX            <- "^-([^-=\\s]+)=([^\\s]+)$"
SUB.PARAM.SYNTAX        <- "^([^-\\s]+)=([^\\s]+)$"

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## syntax of the R commandline 
## programm Rscript
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SYS.PARAM.SYNTAX        <- "^--([^=\\s]+)=?([^\\s]*)$"

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## used columns of data
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PRIMARY.INPUT.COLS      <- c("Sample","Detector","Ct");

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## Default sample, feature, and Ct column names
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DEFAULT.SAMPLE.COLNAME <- "Sample"
DEFAULT.FEATURE.COLNAME <- "Detector"
DEFAULT.CT.COLNAME <- "Ct"