inst/doc/rtPCR.R

In ddCt: The ddCt Algorithm for the Analysis of Quantitative Real-Time PCR (qRT-PCR)

### R code from vignette source 'rtPCR.Rnw'

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### code chunk number 1: specifyFiles
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library(Biobase)
library(lattice)
library(RColorBrewer)
library(ddCt)
datadir <- function(x) system.file("extdata", x, package="ddCt")
savedir <- function(x) file.path(tempdir(), x)

file.names <- c(datadir("Experiment1.txt"),datadir("Experiment2.txt"))
info <- datadir("sampleData.txt")
warningFile <- savedir("warnings.txt")


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### code chunk number 2: readingData
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name.reference.sample <- c("Sample1", "Sample2")
name.reference.gene <- c("Gene2")


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### code chunk number 3: readData
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library(Biobase)  
CtData <- SDMFrame(file.names)
sampleInformation <- read.AnnotatedDataFrame(info,header=TRUE, row.names=NULL)


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### code chunk number 4: calculating
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result <- ddCtExpression(CtData,
                         calibrationSample=name.reference.sample,
                         housekeepingGene=name.reference.gene,
                         sampleInformation=sampleInformation,
                         warningStream=warningFile)


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### code chunk number 5: showMAD
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CtErr(result)


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### code chunk number 6: vis
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br <- errBarchart(result)
print(br)


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### code chunk number 7: write Tables
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elistWrite(result,file=savedir("allValues.txt"))


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### code chunk number 8: sessionInfo
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toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)