ensemblVEP.R
In ensemblVEP: R Interface to Ensembl Variant Effect Predictor

### R code from vignette source 'ensemblVEP.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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library(ensemblVEP)


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### code chunk number 2: man_page (eval = FALSE)
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## ?ensemblVEP
## ?VEPFlags


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### code chunk number 3: default_VEPFlags
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param <- VEPFlags()
param
flags(param)


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### code chunk number 4: hostChange
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param <- VEPFlags(flags=list(host="useastdb.ensembl.org"))


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### code chunk number 5: rtn_GRanges
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fl <- system.file("extdata", "gl_chr1.vcf", package="VariantAnnotation")
gr <- ensemblVEP(fl, param)
head(gr, 3)


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### code chunk number 6: set_vcf
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param <- VEPFlags(flags=list(vcf=TRUE, host="useastdb.ensembl.org"))
vep <- ensemblVEP(fl, param)


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### code chunk number 7: rtn_VCF
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info(vep)$CSQ


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### code chunk number 8: parseCSQToGRanges
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vcf <- readVcf(fl, "hg19")
csq <- parseCSQToGRanges(vep, VCFRowID=rownames(vcf))
head(csq, 3)


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### code chunk number 9: map_rownames
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vcf[csq$"VCFRowID"]


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### code chunk number 10: output_file_default
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flags(param)$output_file


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### code chunk number 11: output_file_filename
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flags(param)$output_file <- "/mypath/myfile"


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### code chunk number 12: ouput_slot
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## Write a vcf file to myfile.vcf:
myparam <- VEPFlags(flags=list(vcf=TRUE,
                        output_file="/path/myfile.vcf"))
## Write a gvf file to myfile.gvf:
myparam <- VEPFlags(flags=list(gvf=TRUE,
                        output_file="/path/myfile.gvf"))
## Write a tab delimited file to myfile.txt:
myparam <- VEPFlags(flags=list(output_file="/path/myfile.txt"))


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### code chunk number 13: samplefile
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fl <- system.file("extdata", "ex2.vcf", package="VariantAnnotation")


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### code chunk number 14: runtime1 (eval = FALSE)
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## param <- VEPFlags(flags=list(regulatory=TRUE, host="useastdb.ensembl.org"))
## gr <- ensemblVEP(fl, param)


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### code chunk number 15: runtime2 (eval = FALSE)
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## param <- VEPFlags(flag=list(format="vcf",
##                       terms="SO",
##                       symbol=TRUE, host="useastdb.ensembl.org"))
## gr <- ensemblVEP(fl, param)


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### code chunk number 16: runtime3 (eval = FALSE)
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## param <- VEPFlags(flags=list(coding_only=TRUE,
##                       check_existing=TRUE,
##                       symbol=TRUE, host="useastdb.ensembl.org"))
## gr <- ensemblVEP(fl, param)


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### code chunk number 17: sessionInfo
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sessionInfo()