inst/doc/erccdashboard.R

In erccdashboard: Assess Differential Gene Expression Experiments with ERCC Controls

### R code from vignette source 'erccdashboard.Rnw'

###################################################
### code chunk number 1: erccdashboard.Rnw:15-19
###################################################
options(width=60, continue = "  ")
#options(SweaveHooks=list(fig=function()
#                par(mar=c(5.1,4.1,1.1,2.1))))
library( "erccdashboard" )


###################################################
### code chunk number 2: loadExampleData
###################################################
data(SEQC.Example)


###################################################
### code chunk number 3: defineInputData
###################################################
datType = "count" # "count" for RNA-Seq data, "array" for microarray data
isNorm = FALSE # flag to indicate if input expression measures are already
               # normalized, default is FALSE 
exTable = MET.CTL.countDat # the expression measure table
filenameRoot = "RatTox" # user defined filename prefix for results files
sample1Name = "MET" # name for sample 1 in the experiment
sample2Name = "CTL" # name for sample 2 in the experiment
erccmix = "RatioPair" # name of ERCC mixture design, "RatioPair" is default
erccdilution = 1/100 # dilution factor used for Ambion spike-in mixtures
spikeVol = 1 # volume (in microliters) of diluted spike-in mixture added to 
             #   total RNA mass
totalRNAmass = 0.500 # mass (in micrograms) of total RNA 
choseFDR = 0.05 # user defined false discovery rate (FDR), default is 0.05


###################################################
### code chunk number 4: inspectRatCount
###################################################
head(MET.CTL.countDat)


###################################################
### code chunk number 5: runDashboardRatcount
###################################################
exDat <- runDashboard(datType="count", isNorm = FALSE,
                       exTable=MET.CTL.countDat,
                       filenameRoot="RatTox", sample1Name="MET",
                       sample2Name="CTL", erccmix="RatioPair",
                       erccdilution=1/100, spikeVol=1,
                       totalRNAmass=0.500, choseFDR=0.1)


###################################################
### code chunk number 6: initializeData
###################################################
summary(exDat)


###################################################
### code chunk number 7: ratPlotA
###################################################
grid.arrange(exDat$Figures$dynRangePlot)


###################################################
### code chunk number 8: ratPlotB
###################################################
grid.arrange(exDat$Figures$rocPlot)


###################################################
### code chunk number 9: ratPlotC
###################################################
grid.arrange(exDat$Figures$lodrERCCPlot)


###################################################
### code chunk number 10: ratPlotD
###################################################
grid.arrange(exDat$Figures$maPlot)


###################################################
### code chunk number 11: SEQCMainArray
###################################################
exDat <- runDashboard(datType="array", isNorm = FALSE,
                      exTable=UHRR.HBRR.arrayDat,
                      filenameRoot = "Lab13.array",
                      sample1Name = "UHRR", sample2Name="HBRR",
                      erccmix = "RatioPair", erccdilution = 1, 
                      spikeVol = 50, totalRNAmass = 2.5*10^(3), choseFDR=0.01)


###################################################
### code chunk number 12: viewDashboardOrder
###################################################
runDashboard


###################################################
### code chunk number 13: sessionData
###################################################
sessionInfo()