farms.R
In farms: FARMS - Factor Analysis for Robust Microarray Summarization

### R code from vignette source 'farms.Rnw'

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### code chunk number 1: farms.Rnw:44-49
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options(width=75)
set.seed(0)
library(farms)
library(utils)
farmsVer<-packageDescription("farms")$Version


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### code chunk number 2: farms.Rnw:121-123
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library(farms)
library(affydata)


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### code chunk number 3: farms.Rnw:198-204
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data(Dilution)
eset<-qFarms(Dilution)  
INIs <- INIcalls(eset)  # apply I/NI calls
summary(INIs)   
I_data <- getI_Eset(INIs) # affybatch containing only  informative probe sets
I_data 


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### code chunk number 4: farms.Rnw:209-210
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  plot(INIs)  # draws a density plot of I/NI-calls


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### code chunk number 5: farms.Rnw:220-225
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eset<-qFarms(Dilution, laplacian=TRUE)  
INIs <- INIcalls(eset)  # apply I/NI calls
summary(INIs)   
I_data <- getI_Eset(INIs) # affybatch containing only  informative probe sets
I_data 


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### code chunk number 6: farms.Rnw:230-231
###################################################
  plot(INIs)  # draws a density plot of I/NI-calls