lmdme-vignette.R
In lmdme: Linear Model decomposition for Designed Multivariate Experiments

### R code from vignette source 'lmdme-vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: General R options for Sweave
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options(prompt="R> ", continue="+  ", width=70, useFancyQuotes=FALSE, digits=4)


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### code chunk number 2: Loading stemHypoxia
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library("stemHypoxia")
data("stemHypoxia") 


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### code chunk number 3: Filtering stemHypoxia
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timeIndex<-design$time %in% c(0.5, 1, 5)  
oxygenIndex<-design$oxygen %in% c(1, 5, 21) 
design<-design[timeIndex & oxygenIndex, ]
design$time<-as.factor(design$time)  
design$oxygen<-as.factor(design$oxygen)
rownames(M)<-M$Gene_ID
M<-M[, colnames(M) %in% design$samplename]


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### code chunk number 4: Exploring M and design objects
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head(design)
head(M)[, 1:3]


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### code chunk number 5: ANOVA decomposition for PradoLopez data
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library("lmdme")
fit<-lmdme(model=~time*oxygen, data=M, design=design)
fit


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### code chunk number 6: ASCA and PLSR decomposition
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id<-F.p.values(fit, term="time:oxygen")<0.001
decomposition(fit, decomposition="pca", type="coefficient", 
  term="time:oxygen", subset=id, scale="row")
fit.plsr<-fit
decomposition(fit.plsr, decomposition="plsr", type="coefficient", 
  term="time:oxygen", subset=id, scale="row")


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### code chunk number 7: ASCA and PLSR biplots
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biplot(fit, xlabs="o", expand=0.7)
biplot(fit.plsr, which="loadings", xlabs="o", 
  ylabs=colnames(coefficients(fit.plsr, term="time:oxygen")),
  var.axes=TRUE)


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### code chunk number 8: ASCA_biplot
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biplot(fit,xlabs="o", mfcol=NULL, expand=0.7)


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### code chunk number 9: PLSR_biplot
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biplot(fit.plsr, which="loadings", xlabs="o", 
  ylabs=colnames(coefficients(fit.plsr,term="time:oxygen")),
  var.axes=TRUE, mfcol=NULL)


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### code chunk number 10: Loadingplot
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loadingplot(fit, term.x="time", term.y="oxygen")


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### code chunk number 11: Session Info
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sessionInfo()