logicFS.R
In logicFS: Identification of SNP Interactions

### R code from vignette source 'logicFS.Rnw'

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### code chunk number 1: logicFS.Rnw:56-57
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library(logicFS)


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### code chunk number 2: logicFS.Rnw:62-63
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data(data.logicfs)


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### code chunk number 3: logicFS.Rnw:94-95
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bin.snps <- make.snp.dummy(data.logicfs)


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### code chunk number 4: logicFS.Rnw:107-108
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my.anneal <- logreg.anneal.control(start = 2, end = -2, iter = 10000)


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### code chunk number 5: logicFS.Rnw:114-116
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log.out <- logicFS(bin.snps, cl.logicfs, B = 20, nleaves = 10, 
   rand = 1234, anneal.control = my.anneal)


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### code chunk number 6: logicFS.Rnw:125-126
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log.out


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### code chunk number 7: logicFS.Rnw:137-138 (eval = FALSE)
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## plot(log.out)


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### code chunk number 8: logicFS.Rnw:168-171
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bag.out <- logic.bagging(bin.snps, cl.logicfs, B = 20, nleaves = 10, 
   rand = 1234, anneal.control = my.anneal)
bag.out


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### code chunk number 9: logicFS.Rnw:178-179
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bag.out$vim


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### code chunk number 10: logicFS.Rnw:187-188
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cl.preds <- predict(bag.out, bin.snps)


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### code chunk number 11: logicFS.Rnw:194-195
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mean(cl.preds != cl.logicfs)