inst/doc/lol.R

### R code from vignette source 'lol.Rnw'

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### code chunk number 1: lol.Rnw:29-31
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options(width=80)
options(verbose=FALSE)


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### code chunk number 2: lol.Rnw:57-61
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library(lol)
data(chin07)
dim(chin07$cn)
dim(chin07$ge)


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### code chunk number 3: lol.Rnw:65-69
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gain <- rowSums(chin07$cn >= .2)
loss <- -rowSums(chin07$cn <= -.2)
plotGW(data=cbind(gain, loss), pos=attr(chin07$cn, 'chrome'), file='plotGWCN', 
fileType='pdf', legend=c('gain', 'loss'), col=c('darkred', 'darkblue'))


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### code chunk number 4: lol.Rnw:76-81
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Data <- list(y=chin07$ge[1,], x=t(chin07$cn))
class(Data) <- 'cv'
set.seed(10)
res.cv <- lasso(Data)
res.cv


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### code chunk number 5: lol.Rnw:88-91
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class(Data) <- 'stability'
res.stability <- lasso(Data)
res.stability


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### code chunk number 6: lol.Rnw:96-99
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class(Data) <- 'multiSplit'
res.multiSplit <- lasso(Data)
res.multiSplit


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### code chunk number 7: lol.Rnw:103-106
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class(Data) <- 'simultaneous'
res.simultaneous <- lasso(Data)
res.simultaneous


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### code chunk number 8: lol.Rnw:110-113
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plotGW(data=cbind(res.cv$beta, res.stability$beta, res.multiSplit$beta, res.simultaneous$beta), 
pos=attr(chin07$cn, 'chrome'), file='plotGWLassoOptimizers', fileType='pdf', width=8, 
height=5, legend=c('cv', 'stability', 'multiSplit', 'simultaneous'), legend.pos='topleft')


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### code chunk number 9: lol.Rnw:118-123
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Data <- list(y=t(chin07$ge), x=t(chin07$cn))
res1 <- matrixLasso(Data, method='cv')
res1
res2 <- matrixLasso(Data, method='stability')
res2


###################################################
### code chunk number 10: lol.Rnw:127-129
###################################################
res.lm <- lmMatrixFit(y=Data, mat=abs(res2$coefMat), th=0.01)
res.lm


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### code chunk number 11: sessionInfo
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sessionInfo()

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