macat.R
In macat: MicroArray Chromosome Analysis Tool

### R code from vignette source 'macat.Rnw'

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### code chunk number 1: macat.Rnw:468-471
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library(macat)
loaddatapkg("stjudem")
data(stjude)


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### code chunk number 2: macat.Rnw:478-479
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summary(stjude)


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### code chunk number 3: macat.Rnw:482-483
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stjude$geneName[1:10]


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### code chunk number 4: macat.Rnw:486-488
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unique(stjude$labels)
table(stjude$labels)


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### code chunk number 5: macat.Rnw:492-493
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sum(stjude$chromosome==1)


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### code chunk number 6: macat.Rnw:497-498 (eval = FALSE)
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## plotSliding(stjude, 6, sample=3, kernel=rbf)


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### code chunk number 7: macat.Rnw:520-522 (eval = FALSE)
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## evalkNN6 = evaluateParameters(stjude, class="T", chromosome=6, kernel=kNN,
##                               paramMultipliers=c(0.01,seq(0.1,2.0,0.1),2.5))