myvariant.R
In myvariant: Accesses MyVariant.info variant query and annotation services

### R code from vignette source 'myvariant.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: myvariant.Rnw:32-34
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library(myvariant)
library(VariantAnnotation)


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### code chunk number 3: myvariant.Rnw:37-40
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file.path <- system.file("extdata", "dbsnp_mini.vcf", package="myvariant")
vcf <- readVcf(file.path, genome="hg19")
rowRanges(vcf)


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### code chunk number 4: myvariant.Rnw:46-48
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hgvs <- formatHgvs(vcf, variant_type="snp")
head(hgvs)


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### code chunk number 5: myvariant.Rnw:59-62
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variant <- getVariant("chr1:g.35367G>A")
variant[[1]]$dbnsfp$genename
variant[[1]]$cadd$phred


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### code chunk number 6: myvariant.Rnw:72-74
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getVariants(c("chr1:g.35367G>A", "chr16:g.28883241A>G"),
            fields="cadd.consequence")


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### code chunk number 7: myvariant.Rnw:88-89
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queryVariant(q="dbnsfp.genename:MLL2", fields=c("cadd.phred", "cadd.consequence"))


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### code chunk number 8: myvariant.Rnw:96-97
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queryVariant(q="rs58991260", fields="dbsnp.flags")$hits


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### code chunk number 9: myvariant.Rnw:107-110
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rsids <- paste("rs", info(vcf)$RS, sep="")
res <- queryVariants(q=rsids, scopes="dbsnp.rsid", fields="all")
subset(res, !is.na(wellderly.vartype))$query