seqCNA.R
In seqCNA: Copy number analysis of high-throughput sequencing cancer data

### R code from vignette source 'seqCNA.Rnw'

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### code chunk number 1: seqCNA.Rnw:75-76
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library(seqCNA)


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### code chunk number 2: seqCNA.Rnw:79-80
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data(seqsumm_HCC1143)


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### code chunk number 3: seqCNA.Rnw:97-98
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rco = readSeqsumm(tumour.data=seqsumm_HCC1143)


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### code chunk number 4: seqCNA.Rnw:144-145
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rco = applyFilters(rco, trim.filter=1, mapq.filter=2)


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### code chunk number 5: seqCNA.Rnw:169-170
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rco = runSeqnorm(rco)


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### code chunk number 6: seqCNA.Rnw:181-182
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rco = runGLAD(rco)


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### code chunk number 7: seqCNA.Rnw:200-201
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plotCNProfile(rco)


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### code chunk number 8: seqCNA.Rnw:204-205
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rco = applyThresholds(rco, seq(-0.8,4,by=0.8), 1)


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### code chunk number 9: seqCNA.Rnw:212-213
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plotCNProfile(rco)


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### code chunk number 10: seqCNA.Rnw:220-221
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summary(rco)


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### code chunk number 11: seqCNA.Rnw:229-230
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head(rco@output)