shinyMethyl: Interactive visualization for Illumina methylation arrays

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Interactive tool for visualizing Illumina methylation array data. Both the 450k and EPIC array are supported.

Author
Jean-Philippe Fortin [cre, aut], Kasper Daniel Hansen [aut]
Date of publication
None
Maintainer
Jean-Philippe Fortin <jfortin@jhsph.edu>
License
Artistic-2.0
Version
1.10.0
URLs

View on Bioconductor

Man pages

runShinyMethyl
Run the interactive shinyMethyl session
shinyMethyl-package
Interactive visualization for Illumina methylation arrays
shinyMethylSet-class
shinyMethylSet instances
shinySummarize-methods
Summarizing a large 450K experiment into a shinyMethylSet

Files in this package

shinyMethyl/.travis.yml
shinyMethyl/DESCRIPTION
shinyMethyl/NAMESPACE
shinyMethyl/R
shinyMethyl/R/plotControlProbes.R
shinyMethyl/R/plotDensities.R
shinyMethyl/R/plotDesign.R
shinyMethyl/R/plotPCA.R
shinyMethyl/R/plotQC.R
shinyMethyl/R/plotSex.R
shinyMethyl/R/runShinyMethyl.R
shinyMethyl/R/server.R
shinyMethyl/R/shinyMethylSet.R
shinyMethyl/R/shinySummarize.R
shinyMethyl/R/ui.R
shinyMethyl/README.md
shinyMethyl/build
shinyMethyl/build/vignette.rds
shinyMethyl/inst
shinyMethyl/inst/CITATION
shinyMethyl/inst/NEWS.Rd
shinyMethyl/inst/doc
shinyMethyl/inst/doc/shinyMethyl.R
shinyMethyl/inst/doc/shinyMethyl.Rnw
shinyMethyl/inst/doc/shinyMethyl.pdf
shinyMethyl/inst/testData
shinyMethyl/inst/testData/testData.R
shinyMethyl/inst/unitTests
shinyMethyl/inst/unitTests/testDigests.rda
shinyMethyl/inst/unitTests/test_shinySummarize.R
shinyMethyl/man
shinyMethyl/man/runShinyMethyl.Rd
shinyMethyl/man/shinyMethyl-package.Rd
shinyMethyl/man/shinyMethylSet-class.Rd
shinyMethyl/man/shinySummarize-methods.Rd
shinyMethyl/tests
shinyMethyl/tests/runTests.R
shinyMethyl/vignettes
shinyMethyl/vignettes/figures
shinyMethyl/vignettes/figures/All.png
shinyMethyl/vignettes/figures/BothPlate.pdf
shinyMethyl/vignettes/figures/BothStatus.pdf
shinyMethyl/vignettes/screenshot_design.png
shinyMethyl/vignettes/screenshot_designbias.png
shinyMethyl/vignettes/screenshot_pca.png
shinyMethyl/vignettes/screenshot_qc.png
shinyMethyl/vignettes/screenshot_sexprediction.png
shinyMethyl/vignettes/shinyMethyl.Rnw
shinyMethyl/vignettes/shinyMethyl.bib