R/estimateNumPerm.R

In sigPathway: Pathway Analysis

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## Name:        estimateNumPerm.R
## Author:      Weil Lai
## Description: Estimates the number of permutations needed for sample
##              (i.e., column) permutation
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## Change Log:
##   - April 13, 2006
##     - initial version
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## estimateNumPerm() counts the total number of unique permutations of
## the phenotype vector
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estimateNumPerm <- function(phenotype, ngroups)  {
  .checkInputs.phenotype.ngroups(phenotype, ngroups)
  
  if(ngroups == 1)
    ngroups <- length(unique(phenotype))

  res <- .C("count_perm",
            n = as.integer(length(phenotype)),
            phenotype = as.numeric(as.integer(factor(phenotype)) - 1),
            ngroups = as.integer(ngroups),
            ncperm = numeric(1),
            PACKAGE = "sigPathway"
            )[[4]]
  return(res)
}