sigPathway-vignette.R
In sigPathway: Pathway Analysis

### R code from vignette source 'sigPathway-vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: sigPathway-vignette.Rnw:119-123
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library(sigPathway)
data(MuscleExample)
ls()



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### code chunk number 2: sigPathway-vignette.Rnw:136-140
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dim(tab)
print(tab[501:504, 1:3])
table(phenotype)



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### code chunk number 3: PSIDhist
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statList <- calcTStatFast(tab, phenotype, ngroups = 2)
hist(statList$pval, breaks = seq(0,1,0.025), xlab = "p-value",
     ylab = "Frequency", main = "")


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### code chunk number 4: sigPathway-vignette.Rnw:164-170
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set.seed(1234)
res.muscle <-
  runSigPathway(G, 20, 500, tab, phenotype, nsim = 1000,
                weightType = "constant", ngroups = 2, npath = 25, 
                verbose = FALSE, allpathways = FALSE, annotpkg = "hgu133a.db",
                alwaysUseRandomPerm = FALSE)


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### code chunk number 5: sigPathway-vignette.Rnw:226-227
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print(res.muscle$df.pathways[1:10, ])


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### code chunk number 6: sigPathway-vignette.Rnw:243-244
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print(res.muscle$list.gPS[[7]][1:10, ])


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### code chunk number 7: sigPathway-vignette.Rnw:280-281
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print(sessionInfo())