R/exclude_object.R

In ExpImage: Tool For Analysis of Images in Experiments

#' Exlude objects in an image by encircling them  or using a mask (Excluir objetos em uma imagem circundado-os ou usando uma mascara).
#'
#' @description The function excludes objects by encircling them or using a mask.
#' (A funcao exclui objetos circundando-os ou usando uma mascara).

#' @usage exclude_object(im,mask=NULL,valueTarget = 0,color=c(r=1,g=1,b=1),plot=TRUE)

#' @param im    :This object must contain an image in EBImage format (Este
#'   objeto deve conter uma imagem no formato do EBImage).
#' @param mask    : Object with the masks of the object of interest, can be obtained by
#' the segmentation function, if it is NULL the object can be circled by clicking on the plot
#'  (Objeto com as mascaras do objeto de interesse, pode ser obtido
#'  pela funcao segmentation, se for NULL o objeto podera ser circundado clicando sobre o plot).
#' @param valueTarget    :Value corresponding to the mask pixels corresponding to the objects of interest
#' (Valor correspondentes aos pixels da mascara correspondentes aos objetos de interesse).

#' @param color : Vector with R, G and B values that will replace object pixels
#' (Vetor com valores de R, G e B que substituirao os pixels dos objetos).

#' @param plot : Logical value, if TRUE the image will be plotted (Valor logico, se for TRUE a imagem sera plotada).
#' @author Alcinei Mistico Azevedo (Instituto de ciencias agrarias da UFMG)
#' @return Returns an image with pixel values equal to 1(white) for the foreground and 0 (black)
#'  for the foreground (Retorna uma imagem com valores de pixel igual a 1( branco) para o foreground
#'   e 0 (preto) para o foreground).
#'
#' @seealso  \code{\link{segmentation}} , \code{\link{segmentation_logit}}, \code{\link{segmentation_logitGUI}}

#'@importFrom stats binomial glm predict
#'@importFrom grDevices dev.off  jpeg
#'@export
#' @examples
#'

#' # Abrindo a imagem
#' im=read_image(example_image(3),plot=TRUE)
#'
#' #Obtendo a escalad e cinza
#' m=gray_scale(im,method = "r/rgb",plot=TRUE)
#'
#' #Obtendo a mascara
#' seg=segmentation(m,treshold = 0.50,selectHigher = TRUE,fillHull = TRUE,plot=TRUE)
#'
#' #Excluindo o objeto
#' exclude_object(im,mask=seg,valueTarget = 0,color=c(r=0.95,g=0.94,b=0.94))
#'
#' #dilatando o objeto e excluindo-o
#' seg2=dilate_image(seg,n=5)
#' exclude_object(im,mask=seg2,valueTarget = 0,color=c(r=0.95,g=0.94,b=0.94))
#'
#'
#' exclude_object(im,mask=seg2,valueTarget = 1,color=c(r=0.95,g=0.94,b=0.94))
#'
#' \dontrun{
#'  # Segmentar e excluir clicando sobre a imagem.
#' exclude_object(im,valueTarget = 1,color=c(r=0.95,g=0.94,b=0.94))
#' }






exclude_object=function(im,mask=NULL,valueTarget = 0,color=c(r=1,g=1,b=1),plot=TRUE){
  if(!is.null(mask)){
im3=extract_pixels(im,mask,plot = plot,valueTarget = valueTarget,valueSelect = color)
  }

  if(is.null(mask)){
    mask=pick_segmentation(im)
    im3=extract_pixels(im,mask,plot = plot,valueTarget =0,valueSelect =  color)
  }
return(im3)
}