inst/doc/PANDA.R

In PANDA: Preferential Attachment Based Common Neighbor Distribution Derived Functional Associations

### R code from vignette source 'PANDA.Rnw'

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### code chunk number 1: PANDA.Rnw:37-39
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options(width=70)
options(continue=' ')


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### code chunk number 2: loadLibrary
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library(PANDA)


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### code chunk number 3: PANDA.Rnw:59-63
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data(dfPPI)
data(GENE2GOtopLite)
data(GENE2KEGG)
data(KEGGID2NAME)


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### code chunk number 4: PANDA.Rnw:72-74
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OrderAll=SignificantPairs(PPIdb=dfPPI)
head(OrderAll)


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### code chunk number 5: PANDA.Rnw:79-80
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dendMap=ProteinCluster(Pfile=OrderAll, Plot=TRUE, TextScaler=50) 


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### code chunk number 6: PANDA.Rnw:87-89
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GP=GOpredict(Pfile=OrderAll, PPIdb=dfPPI, Gene2Annotation=GENE2GOtopLite, p_value=0.001)
head(GP)


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### code chunk number 7: PANDA.Rnw:92-95
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KP=KEGGpredict(Pfile=OrderAll, PPIdb=dfPPI, Gene2Annotation=GENE2KEGG,
   p_value=0.001, IDtoNAME=KEGGID2NAME)
head(KP)


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### code chunk number 8: PANDA.Rnw:100-102
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SignificantSubcluster(Dendrogram=dendMap, Gene2Annotation=GENE2KEGG, 
  PPIdb=dfPPI, KGremove=TRUE, SPoint=1, EPoint=9.7)


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### code chunk number 9: sessionInfo
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sessionInfo()