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In Rclade: Automated Deep-Time Phylogenetic Tree Collapsing and Visualization

常见问题

支持哪些树文件格式？ Newick（.nwk、.tre、.treefile）、Nexus（.nexus、.nex）、PhyloXML（.xml），以及 BEAST .trees 等多树文件。参见 get_supported_extensions 与 read_tree_auto。

我的末端标签不含分类信息，Rclade 还能用吗？ 可以。通过 taxonomy_file（或 plot_timetree 中的同名参数）提供两列的外部分类文件。参见 read_taxonomy_file 与 summarize_taxonomy_quality_with_file。

出现了“非单系分组”警告，是什么意思？ 你要求折叠的分类分组不是单系的——其成员不共享同一个 MRCA。默认情况下 Rclade 警告并跳过它；设 strict = TRUE 则改为中止。可用 check_monophyly 排查。

如何切换时间单位（Ma / Ga）？ 在 plot_timetree 中设置 unit = "Ma" 或 unit = "Ga"。若为 NULL，Rclade 会按枝长数量级自动推断。

环形布局能用时间轴吗？ 时间轴在 layout = "rectangular" 下效果最佳。环形布局建议设 add_timescale = FALSE，或用 timescale_mode = "linear" 绘制线性时间轴。

如何引用 Rclade？ 使用 citation("Rclade") 命令，或查阅包内附带的 CITATION 文件。也可用 save_session_info() 记录精确环境。

绘图很慢 / 树非常大怎么办？ 使用 show_tip_label = FALSE，优先 space_mode = "proportional"，并考虑 low_memory = TRUE。对多棵树，使用 batch_plot。

出现了"标签超过 500 字符将被截断"的警告，怎么办？ ape 的 Newick 解析器在 Linux 上遇到超过约 512 字符的标签会使整个 R 进程崩溃，因此 Rclade 在解析前把超过 500 字符的标签截断为 400 字符 + _RCLADE_TRUNC 后缀。若标签需要与外部分类文件或序列 ID 精确匹配，请在读入前缩短原始标签。

如何在非交互环境（HPC / 流水线）运行？ 通过 shell 调用 run_rclade_cli，或在脚本中调用 plot_timetree() / batch_plot()。用 set_log_file 重定向日志。

文件包含多棵树并报错怎么办？ 设置 multi_tree_mode 为 "first"、"last"、"random" 或 "all"（批量模式下还可 "split"）来控制使用哪些树。

完整的函数参考在哪里？ 参考手册索引 按模块列出全部函数（其中 26 个从 NAMESPACE 导出），每个都含使用示例。

Where is the English documentation? English docs are under docs/en/, entry point docs/en/index.md.

Rclade documentation built on Sept. 26, 2026, 5:07 p.m.