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In Rclade: Automated Deep-Time Phylogenetic Tree Collapsing and Visualization

参考手册（Reference）

按功能模块组织的全部函数与命令。每个函数均提供说明与简单使用示例。

注意： 标注为「内部函数」的函数未在 NAMESPACE 中导出，需通过 Rclade:::function_name() 三冒号语法访问。

| 模块 | 说明 | |------|------| | 核心可视化 | 用于绘制、保存与汇总系统发育时间树的主函数。 | | 树与序列读取及校验 | 读取树文件、校验序列文件，并检验单系性。 | | 分类学解析 | 检测标签格式、解析分类学标签、将分组解析为最近共同祖先（MRCA），并校验自定义分组。 | | 颜色与图例 | 生成色盲友好的调色板，并拆分图例以生成出版级图表。 | | 命令行与交互界面 | 通过命令行运行 Rclade、启动 Shiny 应用、运行自检，并支持可中断的批量处理。 | | 日志与计时 | 提供结构化、分级的日志与计时功能，便于追踪流程运行状态。 | | 工具函数 | 跨平台路径拼接、编码检测、临时文件管理及其他辅助函数。 |

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