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In Rclade: Automated Deep-Time Phylogenetic Tree Collapsing and Visualization

入门指南

本指南带你在五分钟内画出第一张 Rclade 图。

1. 加载包与示例数据

library(Rclade)
data(example_tree)   # 带有 GTDB 风格末端标签的 phylo 对象

example_tree 是一个内置的小树，便于在无需自有数据的情况下尝试全部功能。

2. 画出第一张时间树

按门（phylum）阶元折叠并添加地质时间轴：

p <- plot_timetree(example_tree, rank = "phylum", unit = "Ma")
print(p)

这一次调用完成了：

1. 从末端标签检测分类格式；
2. 解析每个末端的门；
3. 找到每个门的 MRCA 并将其折叠为三角形；
4. 在 x 轴添加地质时间轴；
5. 分配色盲友好调色板并排布图例。

3. 保存图形

save_timetree(p, file = "phylum_tree.pdf", width = 12, height = 8)

输出格式由文件扩展名决定：.pdf、.png、.tiff、.svg、.eps。

4. 查看发生了什么

summarize_timetree(p)

打印末端数量、折叠分支数、分类覆盖率等信息。

5. 尝试常见变体

# 环形 / 扇形布局
p2 <- plot_timetree(example_tree, rank = "class", layout = "circular")

# 关闭时间轴
p3 <- plot_timetree(example_tree, rank = "phylum", add_timescale = FALSE)

# 使用自定义调色板
p4 <- plot_timetree(example_tree, rank = "phylum", color_palette = "Set1")

6. 更进一步

• 一次绘制多棵树：batch_plot
• 解析并校验你自己的标签：分类学解析
• 从命令行运行：run_rclade_cli
• 使用图形界面：run_rclade_shiny

下一步：阅读核心概念，理解分类格式、MRCA 折叠与时间轴。

Rclade documentation built on Sept. 26, 2026, 5:07 p.m.