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In Rclade: Automated Deep-Time Phylogenetic Tree Collapsing and Visualization

核心概念

本页解释 Rclade 背后的关键概念，帮助你理解各函数参数。

分类格式

Rclade 从每个末端的标签读取其分类学归属，支持多种格式：

| 格式 | 示例标签 | 检测依据 | |------|----------|----------| | GTDB | d__Bacteria;p__Firmicutes;c__Bacilli | 前缀 d__/p__/... | | Silva | Bacteria;Firmicutes;Bacilli | 分号分隔阶元，无代码 | | NCBI | cellular organisms; Bacteria; Firmicutes | 具名阶元 | | embedded（custom_rank / Format A） | species_d_Bacteria_p_Firmicutes | 下划线包裹的单字母代码 _d_/_p_/... | | custom_regex | Domain:Bacteria\|Phylum:Firmicutes | 用户正则 |

默认自动检测（taxonomy_format = "auto"）。如需强制指定，显式设置 taxonomy_format。参见 detect_taxonomy_format 与 parse_taxonomy。

基于 MRCA 的折叠

“折叠”指用单个三角形替代整个分支，三角形宽度表示该分支的年龄范围。Rclade 找到共享同一分类分组的所有末端的最近共同祖先（MRCA），再为该分支绘制三角形。

折叠有三种方式：

• 按阶元 — rank = "phylum" 一次折叠所有门。
• 按命名分组 — group = list(GroupA = c("tip1","tip2")) 折叠自定义集合（必须单系；可用 validate_custom_groups 校验）。
• 按特定分支 — clade = "Cyanobacteriota" 仅折叠该命名分支。

单系性很重要

只有单系（所有后代共享同一 MRCA）的分组才能被干净折叠。非单系分组默认触发警告并跳过（strict = FALSE）；设 strict = TRUE 则改为中止。可用 check_monophyly 检查。

三角形与空间模式

• triangle_mode：三角形宽度画法 — max、min、mixed（自适应）、none。
• space_mode：proportional 给大分支更多纵向空间；equal 给每个分支相同空间。

地质时间轴

Rclade 基于 deeptime（ICS 2023/02）在 x 轴添加地质时间轴。

• unit：树枝长的时间单位 — Ma（百万年）或 Ga（十亿年）。为 NULL 时按数量级自动推断。
• timescale_levels：显示哪些条带 — eras、eons、periods。
• add_timescale = FALSE 可关闭（环形布局或 cladogram 时有用）。

颜色与图例

• color_palette：viridis（默认，色盲友好）、任意 RColorBrewer 名称、rainbow 或颜色向量。
• color_mapping：具名向量用于精确控制，如 c("Proteobacteria" = "#E41A1C")。
• color_rank：以不同于折叠所用的阶元着色。
• 图例位置与行列数自动计算；可用 legend_position、legend_nrow、legend_ncol 覆盖。图例很大时用 split_legend。

特殊标识符

Rclade 理解生命的关键祖先节点：

• LUCA — 最后共同祖先（细菌 + 古菌的 MRCA）
• LACA — 最后古菌共同祖先
• LBCA — 最后细菌共同祖先

可与 highlight = "LUCA" 或 resolve_special_identifier 配合使用。

外部分类文件

当标签不完整或缺失分类时，可通过 taxonomy_file 提供两列表格（tip_label，taxonomy_string）。参见 read_taxonomy_file 与 summarize_taxonomy_quality_with_file。

下一步

• 教程 了解端到端工作流。
• 参考手册索引 查看每个函数。

Rclade documentation built on Sept. 26, 2026, 5:07 p.m.