inst/docs/cn/installation.md

In Rclade: Automated Deep-Time Phylogenetic Tree Collapsing and Visualization

安装

系统要求

• R ≥ 4.1.0
• 操作系统：Linux、macOS、Windows
• 建议：用于编译依赖的 C/C++ 工具链（通常已自带）

从 CRAN 安装

install.packages("Rclade")

安装开发版

# install.packages("remotes")
remotes::install_github("zengzichao/Rclade")

依赖

Rclade 依赖：ape、ggtree、deeptime、ggplot2、rlang、stringr、tidytree、viridisLite。

建议安装（部分功能需要）：treeio、phangorn、RColorBrewer、cowplot、patchwork、shiny、optparse、yaml、testthat、knitr、rmarkdown。

若计划使用 Shiny 应用、命令行或运行测试，请安装：

install.packages(c("shiny", "optparse", "patchwork", "RColorBrewer",
                   "cowplot", "testthat", "rmarkdown", "knitr"))

Docker

仓库中提供了 Dockerfile 以构建可复现环境：

docker build -t rclade .
docker run --rm -it rclade R -e 'library(Rclade); run_rclade_selftest()'

验证安装

library(Rclade)
run_rclade_selftest()

若全部检查通过，即可开始使用。参见入门指南。

Rclade documentation built on Sept. 26, 2026, 5:07 p.m.