Nothing
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## Uno sensetifity
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# Surv.rsp = Zielvariable train, Surv-Objekt (time, status)
# Surv.rsp.new = Zielvariable test, Surv-Objekt (time, status)
# lpnew = lin. Praedikt. aus Cox-Modell, z.B. predict(train.fit, newdata=test.data)
# times = Vektor der Zeitpunkte, an denen ausgewertet werden soll
sens.uno <- function(Surv.rsp, Surv.rsp.new, lpnew, times){
thresh <- my.sort(unique(lpnew))
n_th <- length(thresh)
n_t <- length(times)
ERG <- .C(`C_sens_uno`,
as.numeric(rep(1, n_t*(n_th+1))),
as.numeric(Surv.rsp[,1]),
as.numeric((1-Surv.rsp[,2])),
as.numeric(thresh),
as.numeric(times),
as.numeric(lpnew),
as.numeric(Surv.rsp.new[,1]),
as.numeric(Surv.rsp.new[,2]),
as.integer(n_th),
as.integer(n_t),
as.integer(dim(Surv.rsp.new)[1]),
as.integer(dim(Surv.rsp)[1]))
#No longer needed since the symbol is registered in the NAMESPACE
# ,PACKAGE="survAUC")
matrix(ERG[[1]], n_t, n_th+1)
}
##############################################################
## Uno specificity
##############################################################
# Surv.rsp.new = Zielvariable test, Surv-Objekt (time, status)
# lpnew = lin. Praedikt. aus Cox-Modell, z.B. predict(train.fit, newdata=test.data)
# times = Vektor der Zeitpunkte, an denen ausgewertet werden soll
spec.uno <- function(Surv.rsp.new, lpnew, times){
thresh <- my.sort(unique(lpnew))
n_th <- length(thresh)
n_t <- length(times)
ERG <- .C(`C_spec_uno`,
as.numeric(rep(0, n_t*(n_th+1))),
as.numeric(thresh),
as.numeric(times),
as.numeric(lpnew),
as.numeric(Surv.rsp.new[,1]),
as.integer(n_th),
as.integer(n_t),
as.integer(dim(Surv.rsp.new)[1]))
#No longer needed since the symbol is registered in the NAMESPACE
# ,PACKAGE="survAUC")
matrix(ERG[[1]], n_t, n_th+1)
}
##############################################################
## Uno AUC
##############################################################
# Surv.rsp = Zielvariable train, Surv-Objekt (time, status)
# Surv.rsp.new = Zielvariable test, Surv-Objekt (time, status)
# lpnew = lin. Praediktoren aus Cox-Modell, z.B. predict(train.fit, newdata=test.data)
# times = Vektor der Zeitpunkte, an denen ausgewertet werden soll
# weight = Welche Gewichtung der Integrated AUC?; rescale oder conditional.
AUC.uno <- function(Surv.rsp, Surv.rsp.new, lpnew, times, savesensspec=FALSE){
thresh <- my.sort(unique(lpnew))
n_th <- length(thresh)
n_t <- length(times)
#### Sensetivity, Specificity and AUC.
auc.uno <- .C(`C_auc_uno`,
as.numeric(vector("numeric",length=n_t)),
as.numeric(0),
as.numeric(vector("numeric",length=n_t*(n_th+1))+1),
as.numeric(vector("numeric",length=n_t*(n_th+1))),
as.numeric(Surv.rsp[,1]),
as.numeric(1-Surv.rsp[,2]),
as.numeric(thresh),
as.numeric(times),
as.numeric(lpnew),
as.numeric(Surv.rsp.new[,1]),
as.numeric(Surv.rsp.new[,2]),
as.integer(n_th),
as.integer(n_t),
as.integer(dim(Surv.rsp.new)[1]),
as.integer(dim(Surv.rsp)[1]))
#No longer needed since the symbol is registered in the NAMESPACE
# ,PACKAGE="survAUC")
if(!savesensspec){
erg <- list(auc=auc.uno[[1]], times=auc.uno[[8]], iauc=auc.uno[[2]])
}else{
erg <- list(auc=auc.uno[[1]], times=auc.uno[[8]], iauc=auc.uno[[2]],
sens=matrix(auc.uno[[3]], n_t, n_th+1),
spec=matrix(auc.uno[[4]], n_t, n_th+1),
thresh=auc.uno[[7]])
}
class(erg) <- "survAUC"
erg
}
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