calcule_SEEE_IBD: calcule_SEEE_IBD

In AnthonyDEBUR/tools4DCE: Tools for rivers water quality monitoring

calcule_SEEE_IBD

Description

fonction pour traiter une liste de diatomées via le script IBD du SEEE voir : https://seee.eaufrance.fr/ outil d'évaluation IBD v1.2.4

Usage

calcule_SEEE_IBD(donnees)

Arguments

donnees

= data.table avec les colonnes requises par le script

Details

Les colonnes à passer impérativement dans la table d'entrée sont celles prévues dans le script :

• CODE_OPERATION : identifiant unique de l'opération

• CODE_STATION : code SANDRE de la station de mesure

• DATE : date de l'opération (format "%d/%m/%Y")

• CODE_TAXON : code SANDRE du taxon

• RESULTAT : effectif du taxon

Value

Résultats outil IBD SEEE

Examples

stations_op<-import_hubeau_indices_hbio(liste_stations = "04207400", indice="dia")
stations_op<-stations_op%>%subset(CdParametre=="5856")
donnees<-import_hubeau_liste_hbio(liste_stations = c(station_etudiee), indice="dia")
donnees<-donnees%>%subset(date_prelevement%in%stations_op$DatePrel)
donnees$CODE_OPERATION <-
paste0(donnees$code_station_hydrobio, "*", donnees$date_prelevement)
donnees$CODE_STATION <- donnees$code_station_hydrobio
donnees$DATE <- format(donnees$date_prelevement, "%d/%m/%Y")
donnees$CODE_TAXON <- donnees$code_appel_taxon
donnees$RESULTAT <- donnees$resultat_taxon
donnees <- donnees %>% select(CODE_OPERATION, CODE_STATION, DATE, CODE_TAXON, RESULTAT)
calcule_SEEE_IBD(donnees)

AnthonyDEBUR/tools4DCE documentation built on Feb. 14, 2025, 5:40 p.m.