calcule_SEEE_IBMR: calcule_SEEE_IBMR

In AnthonyDEBUR/tools4DCE: Tools for rivers water quality monitoring

calcule_SEEE_IBMR

Description

fonction pour traiter une liste de diatomées via le script IBMR du SEEE voir : https://seee.eaufrance.fr/ outil d'évaluation IBMR v1.1.5

Usage

calcule_SEEE_IBMR(donnees)

Arguments

donnees

= data.table avec les colonnes requises par le script

Details

Les colonnes à passer impérativement dans la table d'entrée sont celles prévues dans le script :

• CODE_OPERATION : identifiant unique de l'opération

• CODE_STATION : code SANDRE de la station de mesure

• DATE : date de l'opération (format "%d/%m/%Y")

• CODE_TAXON : code SANDRE du taxon

• RESULTAT : Pourcentage de recouvrement du taxon identifié. Le champ est obligatoire et compris entre 0 et 100

• UR : Unité de relevé. Le champ est obligatoire et seules les modalités F1, F2 et FU sont acceptées

• POURCENTAGE_FACIES : Pourcentage du faciès dominant dans l’unité de relevé. compris entre 0 et 100.

Value

Résultats outil IBMR SEEE

Examples

stations_op<-import_hubeau_indices_hbio(liste_stations = "04207400", indice="mphy")
stations_op<-stations_op%>%subset(CdParametre=="2928")
donnees<-donnees%>%subset(libelle_type_resultat=="RecTax")
donnees$CODE_OPERATION <-paste0(donnees$code_station_hydrobio, "*", donnees$date_prelevement)
donnees$CODE_STATION <- donnees$code_station_hydrobio
donnees$DATE <- format(donnees$date_prelevement, "%d/%m/%Y")
donnees$UR<-donnees$code_lot
donnees$CODE_TAXON <- donnees$code_appel_taxon
donnees$RESULTAT <- donnees$resultat_taxon*100
 # nota : dans Hub Eau les pourcentages de recouvrement de chaque faciès ne sont pas fourni ce qui rend impossible le calcul de l'IBMR
donnees$POURCENTAGE_FACIES <-ifelse(donnees$UR=="FU", 100, 50)
donnees <- donnees %>% select(CODE_OPERATION, CODE_STATION, DATE, CODE_TAXON, RESULTAT, UR, POURCENTAGE_FACIES)
donnees<-donnees%>%subset(!is.na(CODE_TAXON))
calcule_SEEE_IBMR(donnees)

AnthonyDEBUR/tools4DCE documentation built on Feb. 14, 2025, 5:40 p.m.