calcule_SEEE_MGCE: calcule_SEEE_MGCE

In AnthonyDEBUR/tools4DCE: Tools for rivers water quality monitoring

calcule_SEEE_MGCE

Description

fonction pour traiter une liste faunistique selon le protocole IBG grand cours d'eau (MGCE 12 prélèvements) via le script dédié du SEEE voir : https://seee.eaufrance.fr/ outil d'évaluation IBG-GCE

Usage

calcule_SEEE_MGCE(donnees)

Arguments

donnees

= data.table avec les colonnes requises par le script

Details

Les colonnes à passer impérativement dans la table d'entrée sont celles prévues dans le script :

• CODE_OPERATION : identifiant unique de l'opération

• CODE_STATION : code SANDRE de la station de mesure

• DATE : date de l'opération (format "%d/%m/%Y")

• TYPONATIONALE : Typologie nationale de la station (ex. G12-A)

• CODE_PHASE : code de la phase de prélèvement (A, B ou C)

• CODE_TAXON : code SANDRE du taxon

• RESULTAT : effectif du taxon

• CODE_REMARQUE : code remarque selon le SANDRE

Value

Résultats outil MGCE invertébrés SEEE

Examples

stations_op<-import_hubeau_indices_hbio(liste_stations = "04207400", indice="inv")
stations_op<-stations_op%>%subset(CdParametre=="7613")
donnees<-import_hubeau_liste_hbio(liste_stations = c(station_etudiee), indice="inv")
donnees<-donnees%>%subset(date_prelevement%in%stations_op$DatePrel)
donnees$CODE_OPERATION <-
paste0(donnees$code_station_hydrobio, "*", donnees$date_prelevement)
donnees$CODE_STATION <- donnees$code_station_hydrobio
donnees$DATE <- format(donnees$date_prelevement, "%d/%m/%Y")
donnees$TYPO_NATIONALE <- "G12-A"
donnees$CODE_PHASE <- donnees$code_lot
donnees$CODE_TAXON <- donnees$code_appel_taxon
donnees$RESULTAT <- donnees$resultat_taxon
donnees$CODE_REMARQUE <- donnees$code_type_resultat
donnees <- donnees %>% select(CODE_OPERATION, CODE_STATION, DATE, TYPONATIONALE, CODE_PHASE, CODE_TAXON, RESULTAT, CODE_REMARQUE)
calcule_SEEE_MGCE(donnees)

AnthonyDEBUR/tools4DCE documentation built on Feb. 14, 2025, 5:40 p.m.