calcule_somme_pesticides: calcule_somme_pesticides

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calcule_somme_pesticides

Description

fonction pour calculer la somme des concentrations en pesticides. Si pour une même station et une même date il y a plusieurs résultats du même paramètre alors on retient la valeur max de ces résultats. Si pour une même station et une même date on trouve un paramètre inclus dans un deuxième (ex. S-métolachlore et métolachlore total), alors seule la valeur du paramètre qui englobe l'autre (métolachore total par ex.) est retenu. paramètres incluant d'autres paramètres :

• métolachlore total (somme des isomères R et S) + exclure le paramètre S-métolachlore (mélange des 2 isomères avec au moins 80% d'isomère S) si le métolachlore total est renseigné

• mecoprop (inclus Mécoprop-P)

• diméthénamide (inclus diméthénamide-P (= isomère S))

• dichlorprop (inclus dichlorprop-P)

• Uniconizole (inclus uniconizole-P)

• Fluazifop (inclus Fluazifop-P)

• Somme des Hexachlorocyclohexanes

• Somme Heptachlore époxyde cis/trans

• Somme du DDE 44' et de la dieldrine

• Somme des metabolites des dithiocarbamates (6235) = Ethylenethiouree (5648) + Ethyluree (5484) + Propylene thiouree (6214)

• Somme de Ethylamine + Diméthylamine (7887) = Ethylamine (6993) + Diméthylamine (2773)

• Somme du Fenvalerate RR et Esfenvalerate SS (6613) = Fenvalerate RR 6606 + Esfenvalerate SS 6608

• Somme des chloroanilines (m+p) 5502 = Chloroaniline-4 1591 + Chloroaniline-3 1592

• Somme Acétochlore ESA + Alachlore ESA (7750) = Acétochlore ESA 6856 + Alachlore ESA 6800

• Somme du DDD 44' et du DDT 24'6496 = DDD 44' 1144 + DDT 24' 1147

• Somme Metacresol, Orthocresol et Paracrésol 6341 = ortho-crésol 1640 + méta-crésol 1639 + para-crésol 1638

• Somme parathion ethyl+methyl 6947 = parathion éthyl 1232 + parathion methyl 1233

• Somme du DDD 24', DDE 24', DDT 24', DDT 44' 7170 = DDD 24' 1143 + DDE 24' 1145 + DDT 24' 1147 + DDT 44' 1148

• Somme du DDDpp', DDEpp', DDTop', DDTpp' 7146 = DDDpp' 1144 + DDEpp' 1146 + DDTop' 1147 + DDTpp' 1148

• Somme DDT (3268) = DDT 24' (1147) + DDT 44' (1148)

• Somme DDT et métabolites DDE DDD (6497) = DDDop' (1143) + DDDpp' (1144) + DDEop' (1145) + DDEpp' (1146) + DDTop' (1147) + DDTpp' (1148)

• Somme DDT et métabolites DDE DDD (6497) = DDDpp' (1144) + DDEpp' (1146) + Somme du DDD 24', DDE 24', DDT 24', DDT 44' (7170)

• Somme de l'Alachlor OXA et de l'Acetochlor OXA 8101 = Alachlor OXA 6855 + Acetochlor OXA 6862

• Somme de Fluazifop-P-butyl (1404) et de Fluazifop-butyl (1825)

• Métalaxyl (1706) (inclus les formes métalaxyl-M = Méfénoxam (2987) )

• (Somme du Fenvalerate RR et Esfenvalerate SS ( 6613 ))= Fenvalerate RR (6606) + Esfenvalerate SS (6608)

• (Somme du Fenvalerate RS et Esfenvalerate SR (6614)) = Fenvalerate RS (6607) + Esfenvalerate SR (6609)

• (Somme du Fenvalerate et du Esfenvalerate (8592)) = Fenvalerate (1701) + Esfenvalerate (1809)

• = Fenvalerate RR (6606) + Esfenvalerate SS (6608) + Fenvalerate RS (6607) + Esfenvalerate SR (6609)

• = Somme du Fenvalerate RR et Esfenvalerate SS ( 6613 ) + Somme du Fenvalerate RS et Esfenvalerate SR (6614)

• HCH alpha+beta+delta+gamma (5537) = HCH delta (1202) + HCH alpha (1200)+ HCH béta (1201)+ HCH gamma (lindane) (1203)

• Permethrin (somme)(1523)= Permethrin cis (5682) +Permethrin trans (5683)

• Sulfosate (2077) = sel du glyphosate (1506).

• propamocarbe HCl (2988) = sel du propamocarbe (6398) Pour calculer la concentration en glyphosate à partir du sulfosate, il faut multiplier cette dernière par 0.690

• Endosulfan (1743) = Endosulfan alpha (1178) + Endosulfan bêta (1179)

• Somme de Endosulfan alpha, Endosulfan bêta et Endosulfan sulfate (8129) = Endosulfan alpha (1178) + Endosulfan bêta (1179) + Endosulfan sulfate (1742)

• Chlordane (1132) = Chlrodane alpha (7010) + chlordane bêta (1757)

• Déméton (1550) = Déméton-O (1150) + Déméton-S (1152)

• Mépiquat chlorure (2089) = sel du mepiquat (1969). Pour calculer la concentration en mepiquat à partir du Mépiquat chlorure, il faut multiplier cette dernière par 0.7631.

• Chlordane (cis + trans) (1132) = chlordane alpha (7010) + chlordane bêta (1757)

• Demeton O+S (1550) = déméton-O (code Sandre n°1150) + déméton-S (code Sandre n°1152)

• Heptachlore époxyde (cis+trans) (1198) = Heptachlore époxyde exo cis (1748) + Heptachlore époxyde endo trans (1749)

• Spinosad (A+D) (spinosyne) (5610) = Spinosad A (7438) + Spinosad D (7439)

Usage

calcule_somme_pesticides(
  data,
  liste_pesticides = NULL,
  col_parametre = "CdParametre",
  col_date = "DatePrel",
  col_valeur = "RsAna",
  col_CdRq = "CdRqAna",
  col_LQ = "LqAna",
  col_station = "CdStationMesureEauxSurface",
  col_unite = "CdUniteMesure",
  valeur_inf_LQ = "0",
  resultat_seul = T
)

Arguments

data	tableau de données avec les résultats d'analyse
liste_pesticides	vecteur qui contient les identifiants des pesticides à prendre en compte. Si NULL, toutes les molécules du tableau sont prises en compte.
col_parametre	nom de la colonne qui identifie les pesticides. Par défaut CdParametre
col_date	nom de la colonne avec la date du prélèvement. Par defaut DatePrel.
col_valeur	nom de la colonne avec les résultats d'analyse. Par défaut RsAna.
col_CdRq	nom de la colonne avec le code remarque d'analyse. Par défaut CdRqAna.
col_LQ	nom de la colonne avec les limites de quantification des analyses. Par défaut LqAna.
col_station	nom de la colonne qui renseigne sur où se trouve les différentes stations. Par défaut CdStationMesureEauxSurface
col_unite	nom de la colonne avec les unités/ Par défaut CdUniteMesure
valeur_inf_LQ	stratégie à appliquer pour les valeurs inférieures à LQ. Par défaut "0" : on remplace les valeurs inférieures à la LQ par 0. Autre possibilité : "LQ/2" : on remplace les valeurs inférieures à LQ par LQ/2. "LQ" : on remplace les valeurs inférieures à LQ par LQ.
resultat_seul	booléen. Si il vaut TRUE, la fonction ne renvoie que la colonne somme pesticides. Si il vaut false, la fonction renvoie une colonne par paramètre pris en compte

Value

la fonction renvoie une dataframe avec les informations sur la station, la date, l'unité et la valeur de la somme des pesticides ainsi qu'une colonne avec chaque pesticide constituant la somme.

Examples

data<-data.frame(DatePrel=Sys.Date() + rep(sort(sample(1:500, 10)),3), RsAna=c(round(runif(60,0,0.5), 2)), LqAna=c(0.1), CdStationMesureEauxSurface=c("A","B","C"), CdParametre=c("1200","1506"), CdUniteMesure="133")
data$CdRqAna<-ifelse(data$RsAna>=data$LqAna, "1","10")
calcule_somme_pesticides(data)

AnthonyDEBUR/tools4DCE documentation built on Feb. 14, 2025, 5:40 p.m.