inst/testScripts/system/chipTypes/GenomeWideSNP_6/21.doASCRMAv2,extract.R

In HenrikBengtsson/aroma.affymetrix: Analysis of Large Affymetrix Microarray Data Sets

##########################################################################
# Allele-specific CRMAv2
#
# Author: Henrik Bengtsson
# Created on: 2011-11-11
# Last updated: 2012-09-02
##########################################################################
library("aroma.affymetrix")
verbose <- Arguments$getVerbose(-8, timestamp=TRUE)


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# Setup
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
dataSet <- "GSE13372,testset"
chipType <- "GenomeWideSNP_6,Full"

csR <- AffymetrixCelSet$byName(dataSet, chipType=chipType)
print(csR)


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# AS-CRMAv2
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
res <- doASCRMAv2(csR, drop=FALSE, verbose=verbose)
print(res)


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# extractDataFrame()
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
cesN <- res$cesN
units <- c(1:4, 600+1:4, 1000+1:4, 1000000+1:4);  # A mix of unit types
data <- extractDataFrame(cesN, units=units, addNames=TRUE, verbose=verbose)
str(data)
print(data)


# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
# extractTheta()
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
theta <- extractTheta(cesN, units=units, drop=TRUE, verbose=verbose)
str(theta)
print(theta)