R/getDataClinical.R

In MD-Anderson-Bioinformatics/GeneSurvey: MD Anderson Gene Survey

#GeneSurvey Copyright 2014, 2015, 2016 University of Texas MD Anderson Cancer Center
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# internal
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getDataClinical_internal <- function(theZipFile, theVerboseFlag)
{
	setJavaVerboseFlag(theVerboseFlag)
	results <- NULL
	jObj <- .jnew("org/mda/bcb/gsaccess/CallFromR", theZipFile)
	result <- .jcall(jObj, returnSig = "Lorg/mda/bcb/gsaccess/retrieve/GetDataClinical;",
									 method="getDataClinical")
	if(FALSE==is.jnull(result))
	{
		results <- matrixWithIssues(result$mGenesBySamplesValues, ncol=length(result$mColumnLabels))
		rownames(results) <- result$mPatientIds
		colnames(results) <- result$mColumnLabels
	}
	results
}

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# exported
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getDataClinical <- function(theZipFile="/geneSurveyData/GeneSurvey.zip", theVerboseFlag=FALSE)
{
	stopifnot(file.exists(theZipFile))
	stopifnot((TRUE==theVerboseFlag)||(FALSE==theVerboseFlag))
	getDataClinical_internal(theZipFile, theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}

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