R/getMetadataTcga_Name.R

In MD-Anderson-Bioinformatics/GeneSurvey: MD Anderson Gene Survey

#GeneSurvey Copyright 2014, 2015, 2016 University of Texas MD Anderson Cancer Center
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# internal
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getMetadataTcga_Name_internal <- function(theId, theZipFile, theMethodString, theVerboseFlag)
{
	setJavaVerboseFlag(theVerboseFlag)
	verboseMessage("getMetadataTcga_Name_internal theId=", theId, theVerboseFlag=theVerboseFlag)
	verboseMessage("getMetadataTcga_Name_internal theMethodString=", theMethodString, theVerboseFlag=theVerboseFlag)
	results <- NULL
	jReadGeneObj <- .jnew("org/mda/bcb/gsaccess/CallFromR", theZipFile)
	results <- .jcall(jReadGeneObj, returnSig = "Ljava/lang/String;", method=theMethodString,
											.jnew("java/lang/String",theId))
	results
}

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# used outside file but not exported
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getMetadataTcga_Name_Dataset <- function(theId, theZipFile="/geneSurveyData/GeneSurvey.zip", theVerboseFlag=FALSE)
{
	getMetadataTcga_Name_internal(theId, theZipFile, 'getMetadataTcga_DatasetName', theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}

getMetadataTcga_Name_Disease <- function(theId, theZipFile="/geneSurveyData/GeneSurvey.zip", theVerboseFlag=FALSE)
{
	getMetadataTcga_Name_internal(theId, theZipFile, 'getMetadataTcga_DiseaseName', theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}

getMetadataTcga_Name_SampleType <- function(theId, theZipFile="/geneSurveyData/GeneSurvey.zip", theVerboseFlag=FALSE)
{
	getMetadataTcga_Name_internal(theId, theZipFile, 'getMetadataTcga_SampleTypeName', theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}

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