#GeneSurvey Copyright 2014, 2015, 2016 University of Texas MD Anderson Cancer Center
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# internal
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getNames_ProbeFromGeneSymbol_internal <- function(theGene, theZipFile, theMethodString, theVerboseFlag)
{
setJavaVerboseFlag(theVerboseFlag)
listResults <- lapply(theGene, function(myGene)
{
results <- NULL
jReadGeneObj <- .jnew("org/mda/bcb/gsaccess/CallFromR", theZipFile)
result <- .jcall(jReadGeneObj, returnSig = "[S", method=theMethodString,
.jnew("java/lang/String",myGene))
if(is.jnull(result))
{
results <- NULL
}
if (0==length(results))
{
results <- result
}
results
})
names(listResults) <- theGene
listResults
}
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# exported
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getNames_ProbeFromGeneSymbol_Meth450 <- function(theGene, theZipFile="/geneSurveyData/GeneSurvey.zip",
theVerboseFlag=FALSE)
{
getNames_ProbeFromGeneSymbol_internal(theGene, theZipFile, 'getMapping_Meth450', theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}
getNames_ProbeFromGeneSymbol_Meth27 <- function(theGene, theZipFile="/geneSurveyData/GeneSurvey.zip",
theVerboseFlag=FALSE)
{
getNames_ProbeFromGeneSymbol_internal(theGene, theZipFile, 'getMapping_Meth27', theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}
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