tests/getMetadata_Gene_Mutations.R

In MD-Anderson-Bioinformatics/GeneSurvey: MD Anderson Gene Survey

library(GeneSurvey)

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baseDir <- getBaseDir()
zipFile <- getZipDir()
if ((!is.null(baseDir))&&(!is.null(zipFile)))
{
  initGeneReport("-Xmx4800m")
  foo <- getMetadata_Gene_Mutations("TP53", theZipFile=zipFile)

  (7565097==foo$TP53[[1]]@mLocationStart)&&
  ("17"==foo$TP53[[1]]@mChromosome)
} else {
  message("No test data. Skip test.")
  TRUE
}