R/RyggUtvalgEnh.R
In Rapporteket/rygg: Degenerativ Rygg, figurer, tabeller, analyser
Defines functions
RyggUtvalgEnh
Documented in
RyggUtvalgEnh
#' Title
#'
#' Funksjon som gjør utvalg i datagrunnlaget til registreringene for Nakke
#'
#' Funksjon som gjør utvalg av dataene, returnerer det reduserte datasettet og utvalgsteksten.
#' Gjøres ingen utvalg, vil alle data vises.
#'
#' Argumentet \emph{enhetsUtvalg} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item 0: Hele landet (Standard)
#' \item 1: Egen enhet mot resten av landet
#' \item 2: Egen enhet
#' \item 3: IKKE def - Egen enhet mot egen sykehustype
#' \item 4: IKKE def - Egen sykehustype
#' \item 5: IKKE def - Egen sykehustype mot resten av landet
#' \item 6: IKKE def - Egen enhet mot egen region
#' \item 7: IKKE def - Egen region
#' \item 8: IKKE def - Egen region mot resten
#' }
#' @param datoFra Tidligste operasjonsdato i utvalget (vises alltid i figuren).
#' @param datoTil Seneste operasjonsdato i utvalget (vises alltid i figuren).
#' @param minald Alder, fra og med (Standardverdi: 0)
#' @param maxald Alder, til og med (Standardverdi: 110)
#' @param erMann Kjønn, standard: alt annet enn 0/1 gir begge kjønn
#' 0: Kvinner
#' 1: Menn
#' @param hovedkat Hvilken type hovedinngrep, numerisk 0-9, standard: 99, dvs. alle. Valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item 0:'Andre inngrep',
#' \item 1:'Prolapskirurgi',
#' \item 2:'Midtlinjebevarende dekompr.',
#' \item 3:'Laminektomi',
#' \item 4:'Eksp. intersp implantat',
#' \item 5:'Fusjonskirurgi',
#' \item 6:'Osteotomi, deformitet',
#' \item 7:'Fjerning/rev. av implantat',
#' \item 8:'Skiveprotese',
#' \item 9:'Spinal stenose',
#' \item 10:'Degen. spondylolistese'
#' \item 99: Alle
#' }
#' @param aar - Operasjonsår. Kan velge flere
#' @param hastegrad Hastegrad av operasjon 1: Elektivt, 2: Akutt, 3: Halvøyeblikkelig
#' @param tidlOp tidligere operert? 1: samme nivå, 2: annet nivå, 3: annet og sm. nivå', 4: Primæroperasjon
#' @param enhetsUtvalg Gjør gruppeutvalg med eller uten sammenlikning. Se \strong{Details} for oversikt.
#' @param reshID Parameter følger fra innlogging helseregister.no og angir
#' @param fargepalett Velge fargepalett, standard:BlaaOff ("offentliggjøringsfargene")
#' @inheritParams RyggFigAndeler
#'
#' @return Returnerer filtrert versjon av RegData
#' @export
RyggUtvalgEnh <- function(RegData, datoFra='2009-01-01', datoTil=Sys.Date(), minald=0, maxald=110,
erMann='', hovedkat=99, aar=0, tidlOp=99, hastegrad=99, #hastegrad=99,
enhetsUtvalg=0, reshID=0, fargepalett='BlaaOff') {
# Definer intersect-operator
"%i%" <- intersect
#Når bare skal sammenlikne med sykehusgruppe eller region, eller ikke sammenlikne,
#trengs ikke data for hele landet:
reshID <- as.numeric(reshID)
indEgen1 <- match(reshID, RegData$ReshId)
enhetsUtvalg <- ifelse(reshID==0 | is.na(indEgen1), 0, enhetsUtvalg )
if (enhetsUtvalg %in% c(2,3,4,6,7)) { #Ta med 2,4 og 7? Oppr. 3 og 6
RegData <- switch(as.character(enhetsUtvalg),
'2' = RegData[which(RegData$ReshId == reshID),], #kun egen enhet
'3' = RegData[which(RegData$Sykehustype == RegData$Sykehustype[indEgen1]),], #sml. shgruppe
'4' = RegData[which(RegData$Sykehustype == RegData$Sykehustype[indEgen1]),], #kun egen shgruppe
'6' = RegData[which(RegData$Region == as.character(RegData$Region[indEgen1])),], #sml region
'7' = RegData[which(RegData$Region == as.character(RegData$Region[indEgen1])),]) #kun egen region
}
Ninn <- dim(RegData)[1]
indAld <- which(RegData$Alder >= minald & RegData$Alder <= maxald)
indAar <- if (aar[1] > 2000) {which(RegData$Aar %in% as.numeric(aar))} else {indAar <- 1:Ninn}
indDato <- which(RegData$InnDato >= as.Date(datoFra) & RegData$InnDato <= as.Date(datoTil))
indKj <- if (erMann %in% 0:1) {which(RegData$ErMann == erMann)} else {indKj <- 1:Ninn}
#Hovedkategori, flervalgsutvalg
indHovedInngr <- if (hovedkat[1] %in% 0:8) {which(RegData$HovedInngrepV2V3 %in% as.numeric(hovedkat))
} else {indHovedInngr <- 0}
##Spinal stenose:
# if (length(intersect(c(8:9), hovedkat)>0)) {indSS <- with(RegData, which((RfSentr == 1 | RfLateral == 1)
# & RfSpondtypeIsmisk==0
# & (OpDeUlamin==1 | OpLaminektomi==1 | OpDeFasett==1)
# & (HovedInngrep %in% c(2:5,7))))}
if (is.element(9, hovedkat)) {indHovedInngr <- union(indHovedInngr, which(RegData$LSSopr==1))}
#Degenerativ spondylolistese:
if (is.element(10, hovedkat)) {indHovedInngr <- union(indHovedInngr,
intersect(which(RegData$LSSopr==1), which(RegData$RfSpondtypeDegen==1)))}
#if (!(hovedkat %in% 0:10)) {indHovedInngr <- 1:Ninn}
if (length(intersect(hovedkat, 0:10))==0) {indHovedInngr <- 1:Ninn}
indTidlOp <- if (tidlOp %in% 1:4) {which(RegData$TidlOpr==tidlOp)} else {indTidlOp <- 1:Ninn}
indhastegrad <- if (hastegrad %in% 1:2) {
RegData$OpKat[RegData$OpKat==3] <- 1
which(RegData$OpKat == hastegrad)} else {1:Ninn}
indMed <- indAld %i% indDato %i% indAar %i% indKj %i% indHovedInngr %i% indTidlOp %i% indhastegrad
RegData <- RegData[indMed,]
#Definifjon av spinal stenose:
# COMPUTE filter_$=((RfSentr = 1 or RfLateral = 1)
# & (RfSpondtypeIsmisk = 0)
# & (OpDeUlamin=1 or OpLaminektomi=1 or OpDeFasett=1)
# & (HovedInngrep=2 or HovedInngrep=3 or HovedInngrep=4 or HovedInngrep=5 or HovedInngrep=7) )
# hkatnavn <- c( #0:9
# 'Operasjonskategori: "ukjent"', #hkat=0
# 'Prolapskirurgi',
# 'Foramenotomi',
# 'Laminektomi',
# 'Interspinøst implantat',
# 'Fusjonskirurgi',
# 'Skiveprotese',
# 'Fjerning/rev. av implantat',
# 'Spinal stenose',
# 'Degen. spondylolistese')
HovedInngrepV2V3_txt <- c('Udef.', 'Prolaps', 'Dekomp.', 'Laminektomi', 'Eksp. intersp impl.',
'Fusjon', 'Deformitet', 'Revisjon', 'Skiveprotese') #0:8
hkatnavn <- c(HovedInngrepV2V3_txt, 'Spinal stenose', 'Degen. spondylolistese og LSS')
TidlOprtxt <- c('Tidl. operert samme nivå', 'Tidl. operert annet nivå', 'Tidl. operert annet og sm. nivå', 'Primæroperasjon')
hastegradTxt <- paste0('Operasjonskategori: ', c('Elektiv', 'Akutt')) #, '1/2-Akutt'))
N <- dim(RegData)[1]
utvalgTxt <- c(paste0('Operasjonsdato: ', if (N>0) {min(RegData$InnDato, na.rm=T)} else {datoFra},
' til ', if (N>0) {max(RegData$InnDato, na.rm=T)} else {datoTil}),
#År, flervalgsutvalg, ikke ha med egen tekst for dette?
# if (aar[1] > 2000 ){
# AarMed <- min(RegData$Aar, na.rm=T):max(RegData$Aar, na.rm=T)
# if (length(AarMed)>1) {paste0('År: ', AarMed[1], ':', max(AarMed))} else {paste0('År: ', AarMed)}},
if ((minald>0) | (maxald<110)) {paste0('Pasienter fra ', if (N>0) {min(RegData$Alder, na.rm=T)} else {minald},
' til ', if (N>0) {max(RegData$Alder, na.rm=T)} else {maxald}, ' år')},
if (erMann %in% 0:1) {paste0('Kjønn: ', c('Kvinner', 'Menn')[erMann+1])},
if (hovedkat[1] %in% 0:10) {paste0('Hovedinngrep: ', paste(hkatnavn[as.numeric(hovedkat)+1], collapse=','))},
if (hastegrad %in% 1:2) {hastegradTxt[hastegrad]},
if (tidlOp %in% 1:4) {TidlOprtxt[tidlOp]}
)
SykehustypeTxt <- c('univ. sykehus', 'lokalsykehus', 'priv. sykehus')
indEgen1 <- match(reshID, RegData$ReshId)
if (enhetsUtvalg %in% c(1,2,3,6)) { #Involverer egen enhet
hovedgrTxt <- as.character(RegData$ShNavn[indEgen1]) } else {
hovedgrTxt <- switch(as.character(enhetsUtvalg),
'0' = 'Hele landet',
'4' = SykehustypeTxt[RegData$Sykehustype[indEgen1]],
'5' = SykehustypeTxt[RegData$Sykehustype[indEgen1]],
'7' = as.character(RegData$Region[indEgen1]),
'8' = as.character(RegData$Region[indEgen1]))
}
ind <- list(Hoved=0, Rest=0)
if (enhetsUtvalg %in% c(0,2,4,7)) { #Ikke sammenlikning
medSml <- 0
smltxt <- 'Ingen sml'
ind$Hoved <- 1:dim(RegData)[1] #Tidligere redusert datasettet for 2,4,7. (+ 3og6)
ind$Rest <- NULL
} else { #Skal gjøre sammenlikning
medSml <- 1
if (enhetsUtvalg %in% c(1,3,6)) { #Involverer egen enhet
ind$Hoved <-which(as.numeric(RegData$ReshId)==reshID) } else {
ind$Hoved <- switch(as.character(enhetsUtvalg),
'5' = which(RegData$Sykehustype == RegData$Sykehustype[indEgen1]), #shgr
'8' = which(RegData$Region == RegData$Region[indEgen1]))} #region
smltxt <- switch(as.character(enhetsUtvalg),
'1' = 'landet forøvrig',
'3' = paste0('andre ', SykehustypeTxt[RegData$Sykehustype[indEgen1]]), #RegData inneh. kun egen shgruppe
'5' = 'andre typer sykehus',
'6' = paste0(RegData$Region[indEgen1], ' forøvrig'), #RegData inneh. kun egen region
'8' = 'andre regioner')
ind$Rest <- switch(as.character(enhetsUtvalg),
'1' = which(as.numeric(RegData$ReshId) != reshID),
'3' = which(as.numeric(RegData$ReshId) != reshID), #RegData inneh. kun egen shgruppe
'5' = which(RegData$Sykehustype != RegData$Sykehustype[indEgen1]),
'6' = which(as.numeric(RegData$ReshId)!=reshID), #RegData inneh. kun egen region
'8' = which(RegData$Region != RegData$Region[indEgen1]))
}
UtData <- list(RegData=RegData, utvalgTxt=utvalgTxt, fargepalett=fargepalett,
ind=ind, medSml=medSml, smltxt=smltxt, hovedgrTxt=hovedgrTxt) #shtxt=shtxt, grTypeTxt=grTypeTxt
return(invisible(UtData))
}
Rapporteket/rygg documentation built on March 20, 2024, 11:44 p.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Defines functions RyggUtvalgEnh
Documented in RyggUtvalgEnh
#' Title
#'
#' Funksjon som gjør utvalg i datagrunnlaget til registreringene for Nakke
#'
#' Funksjon som gjør utvalg av dataene, returnerer det reduserte datasettet og utvalgsteksten.
#' Gjøres ingen utvalg, vil alle data vises.
#'
#' Argumentet \emph{enhetsUtvalg} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item 0: Hele landet (Standard)
#' \item 1: Egen enhet mot resten av landet
#' \item 2: Egen enhet
#' \item 3: IKKE def - Egen enhet mot egen sykehustype
#' \item 4: IKKE def - Egen sykehustype
#' \item 5: IKKE def - Egen sykehustype mot resten av landet
#' \item 6: IKKE def - Egen enhet mot egen region
#' \item 7: IKKE def - Egen region
#' \item 8: IKKE def - Egen region mot resten
#' }
#' @param datoFra Tidligste operasjonsdato i utvalget (vises alltid i figuren).
#' @param datoTil Seneste operasjonsdato i utvalget (vises alltid i figuren).
#' @param minald Alder, fra og med (Standardverdi: 0)
#' @param maxald Alder, til og med (Standardverdi: 110)
#' @param erMann Kjønn, standard: alt annet enn 0/1 gir begge kjønn
#' 0: Kvinner
#' 1: Menn
#' @param hovedkat Hvilken type hovedinngrep, numerisk 0-9, standard: 99, dvs. alle. Valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item 0:'Andre inngrep',
#' \item 1:'Prolapskirurgi',
#' \item 2:'Midtlinjebevarende dekompr.',
#' \item 3:'Laminektomi',
#' \item 4:'Eksp. intersp implantat',
#' \item 5:'Fusjonskirurgi',
#' \item 6:'Osteotomi, deformitet',
#' \item 7:'Fjerning/rev. av implantat',
#' \item 8:'Skiveprotese',
#' \item 9:'Spinal stenose',
#' \item 10:'Degen. spondylolistese'
#' \item 99: Alle
#' }
#' @param aar - Operasjonsår. Kan velge flere
#' @param hastegrad Hastegrad av operasjon 1: Elektivt, 2: Akutt, 3: Halvøyeblikkelig
#' @param tidlOp tidligere operert? 1: samme nivå, 2: annet nivå, 3: annet og sm. nivå', 4: Primæroperasjon
#' @param enhetsUtvalg Gjør gruppeutvalg med eller uten sammenlikning. Se \strong{Details} for oversikt.
#' @param reshID Parameter følger fra innlogging helseregister.no og angir
#' @param fargepalett Velge fargepalett, standard:BlaaOff ("offentliggjøringsfargene")
#' @inheritParams RyggFigAndeler
#'
#' @return Returnerer filtrert versjon av RegData
#' @export
RyggUtvalgEnh <- function(RegData, datoFra='2009-01-01', datoTil=Sys.Date(), minald=0, maxald=110,
erMann='', hovedkat=99, aar=0, tidlOp=99, hastegrad=99, #hastegrad=99,
enhetsUtvalg=0, reshID=0, fargepalett='BlaaOff') {
# Definer intersect-operator
"%i%" <- intersect
#Når bare skal sammenlikne med sykehusgruppe eller region, eller ikke sammenlikne,
#trengs ikke data for hele landet:
reshID <- as.numeric(reshID)
indEgen1 <- match(reshID, RegData$ReshId)
enhetsUtvalg <- ifelse(reshID==0 | is.na(indEgen1), 0, enhetsUtvalg )
if (enhetsUtvalg %in% c(2,3,4,6,7)) { #Ta med 2,4 og 7? Oppr. 3 og 6
RegData <- switch(as.character(enhetsUtvalg),
'2' = RegData[which(RegData$ReshId == reshID),], #kun egen enhet
'3' = RegData[which(RegData$Sykehustype == RegData$Sykehustype[indEgen1]),], #sml. shgruppe
'4' = RegData[which(RegData$Sykehustype == RegData$Sykehustype[indEgen1]),], #kun egen shgruppe
'6' = RegData[which(RegData$Region == as.character(RegData$Region[indEgen1])),], #sml region
'7' = RegData[which(RegData$Region == as.character(RegData$Region[indEgen1])),]) #kun egen region
}
Ninn <- dim(RegData)[1]
indAld <- which(RegData$Alder >= minald & RegData$Alder <= maxald)
indAar <- if (aar[1] > 2000) {which(RegData$Aar %in% as.numeric(aar))} else {indAar <- 1:Ninn}
indDato <- which(RegData$InnDato >= as.Date(datoFra) & RegData$InnDato <= as.Date(datoTil))
indKj <- if (erMann %in% 0:1) {which(RegData$ErMann == erMann)} else {indKj <- 1:Ninn}
#Hovedkategori, flervalgsutvalg
indHovedInngr <- if (hovedkat[1] %in% 0:8) {which(RegData$HovedInngrepV2V3 %in% as.numeric(hovedkat))
} else {indHovedInngr <- 0}
##Spinal stenose:
# if (length(intersect(c(8:9), hovedkat)>0)) {indSS <- with(RegData, which((RfSentr == 1 | RfLateral == 1)
# & RfSpondtypeIsmisk==0
# & (OpDeUlamin==1 | OpLaminektomi==1 | OpDeFasett==1)
# & (HovedInngrep %in% c(2:5,7))))}
if (is.element(9, hovedkat)) {indHovedInngr <- union(indHovedInngr, which(RegData$LSSopr==1))}
#Degenerativ spondylolistese:
if (is.element(10, hovedkat)) {indHovedInngr <- union(indHovedInngr,
intersect(which(RegData$LSSopr==1), which(RegData$RfSpondtypeDegen==1)))}
#if (!(hovedkat %in% 0:10)) {indHovedInngr <- 1:Ninn}
if (length(intersect(hovedkat, 0:10))==0) {indHovedInngr <- 1:Ninn}
indTidlOp <- if (tidlOp %in% 1:4) {which(RegData$TidlOpr==tidlOp)} else {indTidlOp <- 1:Ninn}
indhastegrad <- if (hastegrad %in% 1:2) {
RegData$OpKat[RegData$OpKat==3] <- 1
which(RegData$OpKat == hastegrad)} else {1:Ninn}
indMed <- indAld %i% indDato %i% indAar %i% indKj %i% indHovedInngr %i% indTidlOp %i% indhastegrad
RegData <- RegData[indMed,]
#Definifjon av spinal stenose:
# COMPUTE filter_$=((RfSentr = 1 or RfLateral = 1)
# & (RfSpondtypeIsmisk = 0)
# & (OpDeUlamin=1 or OpLaminektomi=1 or OpDeFasett=1)
# & (HovedInngrep=2 or HovedInngrep=3 or HovedInngrep=4 or HovedInngrep=5 or HovedInngrep=7) )
# hkatnavn <- c( #0:9
# 'Operasjonskategori: "ukjent"', #hkat=0
# 'Prolapskirurgi',
# 'Foramenotomi',
# 'Laminektomi',
# 'Interspinøst implantat',
# 'Fusjonskirurgi',
# 'Skiveprotese',
# 'Fjerning/rev. av implantat',
# 'Spinal stenose',
# 'Degen. spondylolistese')
HovedInngrepV2V3_txt <- c('Udef.', 'Prolaps', 'Dekomp.', 'Laminektomi', 'Eksp. intersp impl.',
'Fusjon', 'Deformitet', 'Revisjon', 'Skiveprotese') #0:8
hkatnavn <- c(HovedInngrepV2V3_txt, 'Spinal stenose', 'Degen. spondylolistese og LSS')
TidlOprtxt <- c('Tidl. operert samme nivå', 'Tidl. operert annet nivå', 'Tidl. operert annet og sm. nivå', 'Primæroperasjon')
hastegradTxt <- paste0('Operasjonskategori: ', c('Elektiv', 'Akutt')) #, '1/2-Akutt'))
N <- dim(RegData)[1]
utvalgTxt <- c(paste0('Operasjonsdato: ', if (N>0) {min(RegData$InnDato, na.rm=T)} else {datoFra},
' til ', if (N>0) {max(RegData$InnDato, na.rm=T)} else {datoTil}),
#År, flervalgsutvalg, ikke ha med egen tekst for dette?
# if (aar[1] > 2000 ){
# AarMed <- min(RegData$Aar, na.rm=T):max(RegData$Aar, na.rm=T)
# if (length(AarMed)>1) {paste0('År: ', AarMed[1], ':', max(AarMed))} else {paste0('År: ', AarMed)}},
if ((minald>0) | (maxald<110)) {paste0('Pasienter fra ', if (N>0) {min(RegData$Alder, na.rm=T)} else {minald},
' til ', if (N>0) {max(RegData$Alder, na.rm=T)} else {maxald}, ' år')},
if (erMann %in% 0:1) {paste0('Kjønn: ', c('Kvinner', 'Menn')[erMann+1])},
if (hovedkat[1] %in% 0:10) {paste0('Hovedinngrep: ', paste(hkatnavn[as.numeric(hovedkat)+1], collapse=','))},
if (hastegrad %in% 1:2) {hastegradTxt[hastegrad]},
if (tidlOp %in% 1:4) {TidlOprtxt[tidlOp]}
)
SykehustypeTxt <- c('univ. sykehus', 'lokalsykehus', 'priv. sykehus')
indEgen1 <- match(reshID, RegData$ReshId)
if (enhetsUtvalg %in% c(1,2,3,6)) { #Involverer egen enhet
hovedgrTxt <- as.character(RegData$ShNavn[indEgen1]) } else {
hovedgrTxt <- switch(as.character(enhetsUtvalg),
'0' = 'Hele landet',
'4' = SykehustypeTxt[RegData$Sykehustype[indEgen1]],
'5' = SykehustypeTxt[RegData$Sykehustype[indEgen1]],
'7' = as.character(RegData$Region[indEgen1]),
'8' = as.character(RegData$Region[indEgen1]))
}
ind <- list(Hoved=0, Rest=0)
if (enhetsUtvalg %in% c(0,2,4,7)) { #Ikke sammenlikning
medSml <- 0
smltxt <- 'Ingen sml'
ind$Hoved <- 1:dim(RegData)[1] #Tidligere redusert datasettet for 2,4,7. (+ 3og6)
ind$Rest <- NULL
} else { #Skal gjøre sammenlikning
medSml <- 1
if (enhetsUtvalg %in% c(1,3,6)) { #Involverer egen enhet
ind$Hoved <-which(as.numeric(RegData$ReshId)==reshID) } else {
ind$Hoved <- switch(as.character(enhetsUtvalg),
'5' = which(RegData$Sykehustype == RegData$Sykehustype[indEgen1]), #shgr
'8' = which(RegData$Region == RegData$Region[indEgen1]))} #region
smltxt <- switch(as.character(enhetsUtvalg),
'1' = 'landet forøvrig',
'3' = paste0('andre ', SykehustypeTxt[RegData$Sykehustype[indEgen1]]), #RegData inneh. kun egen shgruppe
'5' = 'andre typer sykehus',
'6' = paste0(RegData$Region[indEgen1], ' forøvrig'), #RegData inneh. kun egen region
'8' = 'andre regioner')
ind$Rest <- switch(as.character(enhetsUtvalg),
'1' = which(as.numeric(RegData$ReshId) != reshID),
'3' = which(as.numeric(RegData$ReshId) != reshID), #RegData inneh. kun egen shgruppe
'5' = which(RegData$Sykehustype != RegData$Sykehustype[indEgen1]),
'6' = which(as.numeric(RegData$ReshId)!=reshID), #RegData inneh. kun egen region
'8' = which(RegData$Region != RegData$Region[indEgen1]))
}
UtData <- list(RegData=RegData, utvalgTxt=utvalgTxt, fargepalett=fargepalett,
ind=ind, medSml=medSml, smltxt=smltxt, hovedgrTxt=hovedgrTxt) #shtxt=shtxt, grTypeTxt=grTypeTxt
return(invisible(UtData))
}
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.