Man pages for ShotaNishijima/frasam
Fisheries Research Agency (FRA) provides an R package for analyzing the State-space Assessment Model (SAM)
| caa_plot | Catch at ageの当てはまりについてプロットする関数 |
| Calcu_Bmsy | Calculate the stock biomass at the maximum sustainable yield... |
| Calcu_F0.1 | Calculate F0.1 value. |
| Calcu_Fmax | Calculate the fishing mortality that maximizes the yield per... |
| Calcu_Fmsy | Calculate the fishing mortality that maximizes the maximum... |
| Calcu_N | Calculate the relative number at age at the equilibrium. |
| Calcu_SBmsy | Calculate the spawning stock biomass at the maximum... |
| Calcu_SBR | Calculate spawning biomass per recruit (SBR) with a given... |
| Calcu_SPR_X | Calculate F%SPR: the fishing mortality that reduces the... |
| Calcu_YPR | Calculate yield per recruit with a given fishing mortality... |
| convert_sam_tibble | SAMの結果オブジェクトをtibble形式に変換する関数 |
| divide_sigma | 観測誤差とプロセス誤差をどこかの年齢間で分けて推定し直す関数 |
| do_jitter | Do jitter analysis |
| do_loo_index | Do leave-one-out index analysis |
| est_fixed | SAMの固定効果だけを推定する関数 |
| est_mixed | TMB::MakeADFunに必要な引数から固定効果とランダム効果を推定する関数 |
| Est_SR | Estimate the Beverton-Holt and hockey-stick stock recruitment... |
| get_pm | utilities for extracting statistics |
| get_predSR | SAMで推定された再生産関係の予測値 |
| index_plot | Indexの当てはまりについてプロットする関数 |
| index_plot2 | Indexの当てはまりについてプロットする関数 |
| make_named_list | Making a combined list with original list name(s) |
| out_sam | output sam object results |
| plot_samvpa | SAM or VPAの結果を描くグラフ |
| plot_SR_simple | 再生産関係についてプロットする関数 |
| popsim_vpasam | Popsimと同じ手法でSAMとVPAの疑似データを生成する |
| retro_plot | レトロスペクティブ解析の結果をプロットする |
| retro_sam | レトロスペクティブ解析を実施する |
| sam | SAMによる資源計算を実施する |
| samprofile | SAMで推定されたパラメータに対してプロファイル尤度を計算する |
| select_sigma | 観測誤差やプロセス誤差のステップ形式のモデル選択（一つの変数について） |
| select_sigma_grid | 観測誤差やプロセス誤差のステップ形式のモデル選択（複数の変数について） |
| use_sam_tmb | SAMでTMBで実行するためにcppファイルのコンパイル等をする関数 |
