R/graph_quebec_cas_par_css.R

In SimonCoulombe/covidtwitterbot: What the Package Does (One Line, Title Case)

#' carte_css
#'
#' @return
#' @export
#'
#' @examples
carte_css <- function(css_last_week = NULL, type = "maximum") {
  if (is.null(css_last_week)) css_last_week <- get_css_last_week()

  g <- ggplot(data = css_last_week) +
    {
      if (type == "paliers") {
        geom_sf(aes(fill = color_per_pop), color = "white")
      }
    } +
    {
      if (type == "paliers") {
        scale_fill_manual(
          drop = TRUE,
          limits = names(mes4couleurs), ## les limits  c'est nécessaire pour que toutes les valeurs apparaissent dans la légende même quand pas utilisée.
          values = alpha(mes4couleurs, 1.0)
        )
      }
    } +
    {
      if (type == "maximum") {
        geom_sf(aes(fill = cases_per_1M), color = "white")
      }
    } +
    {
      if (type == "maximum") {
        scale_fill_gradientn(
          colours = c(palette_OkabeIto["bluishgreen"], palette_OkabeIto["yellow"], palette_OkabeIto["orange"], palette_OkabeIto["vermillion"], "black"),
          values = c(0, 20, 60, 100, max(css_last_week$cases_per_1M)) / max(css_last_week$cases_per_1M), limits = c(0, max(css_last_week$cases_per_1M)),
          name = "Cas par million"
        )
      }
    } +
    {
      if (type == "maximum500") {
        geom_sf(aes(fill = cases_per_1M), color = "white")
      }
    } +
    {
      if (type == "maximum500") {
        scale_fill_gradientn(
          colours = c(palette_OkabeIto["bluishgreen"], palette_OkabeIto["yellow"], palette_OkabeIto["orange"], palette_OkabeIto["vermillion"], "black"),
          values = c(0, 20, 60, 100, pmax(500, max(css_last_week$cases_per_1M))) / pmax(500, max(css_last_week$cases_per_1M)), limits = c(0, pmax(500, max(css_last_week$cases_per_1M))),
          name = "Cas par million"
        )
      }
    } +
    {
      if (type == "maximum500rouge") {
        geom_sf(aes(fill = cases_per_1M), color = "grey50")
      }
    } +
    {
      if (type == "maximum500rouge") {
        scale_fill_gradientn(
          colours = c("white", palette_OkabeIto["vermillion"]),
          values = c(0, 1), limits = c(0, pmax(500, max(css_last_week$cases_per_1M))),
          name = "Cas par million"
        )
      }
    } +
    labs(
      title = paste0("Nouveaux cas de covid par million d'habitants par centre de services scolaires"),
      fill = "Cas par 1M habitants",
      subtitle = paste0("en date du ", format(max(css_last_week$date_report), format = format_francais), ". (moyenne mobile sur 7 jours)"),
      caption = paste0(
        "Les données sont publiées au niveau des réseaux locaux de service (RLS) et distribuées aux centres de services scolaires (CS)",
        "\n proportionnellement à la population lorsque le RLS couvre plus d'un CSS",
        "\n gossé par @coulsim"
      )
    ) +
    cowplot::theme_map() +
    theme(
      text = element_text(size = 12), # tous les textes... sauf geom_text
      strip.text.x = element_text(size = 12, angle = 0, hjust = 0), # change la  taille et angle du texte facet
      plot.title = element_text(size = 14),
      plot.subtitle = element_text(size = 12),
      plot.caption = element_text(size = 12),
      legend.text = element_text(size = 12)
    ) +
    ggrepel::geom_text_repel(
      data = villes %>%
        st_transform(quebec_lambert) %>%
        mutate(
          lon = map_dbl(geometry, ~ st_coordinates(.x)[1]),
          lat = map_dbl(geometry, ~ st_coordinates(.x)[2])
        ) %>% st_drop_geometry(),
      aes(x = lon, y = lat, label = cities), #
      fontface = "bold",
      nudge_x = c(0, 0, 2e5, 3e5, 0, 0, 2e5, 3e5),
      nudge_y = c(-1e5, -1e5, -0.5e5, -1e5, -0.25e5, 0e5, -0.8e5, -0.5e5)
    ) +
    theme(legend.position = c(0.75, 0.9)) +
    coord_sf(crs = quebec_lambert)
  g
}


#' Title
#'
#' @param css_last_week OPTIONAL: if you provide a dataframe created by css_last_week then you don't need to redownload everything again.
#'
#' @return
#' @export
#' @importFrom ggplot2 geom_hline coord_flip
#' @examples
graph_css_bars <- function(css_last_week = NULL) {
  if (is.null(css_last_week)) css_last_week <- get_css_last_week()

  g <- css_last_week %>%
    arrange(-dailycases_per_1M_avg_7_days) %>%
    mutate(NOM_CS_petit_nom = as.factor(NOM_CS_petit_nom)) %>%
    ggplot(aes(x = fct_reorder(NOM_CS_petit_nom, dailycases_per_1M_avg_7_days), y = dailycases_per_1M_avg_7_days)) +
    scale_y_continuous(expand = c(0, 0), limits = c(0, NA), position = "right") +
    geom_col(aes(fill = color_per_pop), width = 0.8) +
    scale_fill_manual(
      drop = TRUE,
      limits = names(mes4couleurs), ## les limits (+myColors?) c'est nécessaire pour que toutes les valeurs apparaissent dans la légende même quand pas utilisée.
      values = mes4couleurs
    ) +
    geom_hline(yintercept = 20, color = "black", size = 1) +
    geom_hline(yintercept = 60, color = "black", size = 1) +
    geom_hline(yintercept = 100, color = "black", size = 1) +
    coord_flip() +
    theme_simon() +
    theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank()) + # remove grids
    scale_color_OkabeIto() +
    labs(
      title = "Nombre de nouveaux cas de covid par million d'habitants dans les centres de services scolaires",
      subtitle = paste0("moyenne mobile sur 7 jours, dernière mise à jour le ", format(max(css_last_week$date_report), format = format_francais)),
      caption = paste0("Les données sont publiées au niveau des RLS (réseau local de service) et distribuées aux CSS proportionnellement à la population lorsque le RLS couvre plus d'une CSS"),
      x = "Centres de services scolaires",
      y = "Nombre de cas par million d'habitants",
      fill = "Nombre de cas par million d'habitants"
    ) +
    theme(legend.position = c(0.7, 0.2)) #+
  # theme(axis.title.y = element_text(angle = 0, hjust = 0, vjust= 1.03))

  g
}