R/mt_split_damir_A.R

In arnaudmilet/medtRucks: Package de préparation et de valorisation des données brutes de mesure d'accès aux soins en France

#' Traitement des donnees DAMIR A
#'
#' @param chemin Une chaine de caractere: Chemin des donnees brutes DAMIR A
#' @param millesime Un double: Annee du millesime traite
#' @param variable Une chaine de caractere: Nom de la variable contenant le code de la region
#' @param i Un double: Mois traite
#' @param ecriture Booleen Par defaut TRUE. Permet d'ecrire dans le dossier initial. Le desactiver n'a d'interet que pour les tests
#'
#' @return NULL. Cette fonction decoupe la table initiale pour en faire de petites par regions a l'emplacement initial
#' @export
#'
#' @examples
#' chemin_data_init_damir_A = system.file("extdata",package = "medtRucks")
#' millesime_damir_A = 2020
#' variable_nom_reg = "BEN_RES_REG"
#'
#' mt_split_damir_A(
#'       chemin=chemin_data_init_damir_A,
#'       millesime=millesime_damir_A,
#'       variable=variable_nom_reg,
#'       i=1,
#'       ecriture=FALSE)
#'
#' \dontrun{
#' walk(1:12,~mt_split_damir_A(
#'                 chemin=chemin_data_init_damir_A,
#'                 millesime=millesime_damir_A,
#'                 variable=variable_nom_reg,
#'                 i=.x))
#' }
#'
#' @importFrom data.table fread
#' @importFrom dplyr pull filter sym group_by summarise ungroup mutate
#' @importFrom purrr walk
#' @importFrom stringr str_pad
#' @importFrom magrittr %>%
mt_split_damir_A <- function(chemin,
                             millesime,
                             variable,
                             i=1,
                             ecriture=T){
  Fichier<-paste0(chemin, "/A",millesime,stringr::str_pad(i,2,"left",0),".csv")
  AXXXX_temp <- data.table::fread(Fichier)

  liste_reg <- AXXXX_temp %>%
    dplyr::pull(variable) %>%
    unique() %>%
    sort()

  purrr::walk(liste_reg,function(code_reg){
    print(code_reg)
    if(i==1|!ecriture){
      AXXXX_temp_reg_cible_init <- NULL
    }else{
      AXXXX_temp_reg_cible_init <- readRDS(paste0(chemin, "/A",millesime, "_",code_reg,".rds"))
    }

    AXXXX_temp_reg_cible <- AXXXX_temp %>%
      dplyr::filter(!!dplyr::sym(variable)==code_reg) %>%
      dplyr::group_by(AGE_BEN_SNDS,BEN_SEX_COD,PSE_SPE_SNDS) %>%
      dplyr::summarise(nb_act= sum(PRS_ACT_NBR,na.rm = T)) %>%
      dplyr::ungroup() %>%
      dplyr::mutate(mois=i)

    AXXXX_temp_reg_cible_ok <- rbind(AXXXX_temp_reg_cible_init,AXXXX_temp_reg_cible)

    if(ecriture){
      saveRDS(AXXXX_temp_reg_cible_ok,paste0(chemin, "/A",millesime, "_",code_reg,".rds"))
    }

  })
}