### R code from vignette source 'xcmsDirect.Rnw'
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### code chunk number 1: LoadLib
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library(xcms)
library(MassSpecWavelet)
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### code chunk number 2: LoadData
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library(msdata)
mzdatapath <- system.file("fticr", package = "msdata")
mzdatafiles <- list.files(mzdatapath, recursive = TRUE, full.names = TRUE)
cat("Starting xcmsDirect.Rnw")
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### code chunk number 3: ProcessData
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data.mean <- "data.mean"
xs <- xcmsSet(
method="MSW",
files=mzdatafiles,
scales=c(1,4,9),
nearbyPeak=T,
verbose.columns = FALSE,
winSize.noise=500,
SNR.method="data.mean",
snthr=10
)
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### code chunk number 4: CreateExample
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xs4 <- xcmsSet(
method = "MSW",
files = mzdatafiles[1],
scales = c(1,4, 9),
nearbyPeak = T,
verbose.columns = FALSE,
winSize.noise = 500,
SNR.method = "data.mean",
snthr = 10)
masslist <- xs4@peaks[c(1,4,7),"mz"]
xs4@peaks[,"mz"] <- xs4@peaks[,"mz"] + 0.00001*runif(1,0,0.4)*xs4@peaks[,"mz"] + 0.0001
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### code chunk number 5: xcmsDirect.Rnw:95-103
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xs4c <- calibrate(xs4,
calibrants=masslist,
method="edgeshift",
mzabs=0.0001,
mzppm=5,
neighbours=3,
plotres=TRUE
)
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### code chunk number 6: MzClust
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xsg <- group(xs, method="mzClust")
xsg
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### code chunk number 7: ShowGroups
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groups(xsg)[1:10,]
peaks(xsg)[groupidx(xsg)[[1]]]
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### code chunk number 8: FillPeaks
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groupval(xsg)[1,]
xsgf <- fillPeaks(xsg, method="MSW")
groupval(xsgf, "medret", "into")[1:10,]
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### code chunk number 9: AnalysisVisualize
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reporttab <- diffreport(xsgf, "ham4", "ham5", "example", eicmax=4,
h=480, w=640)
reporttab[1:4,]
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