PWfile <-
function(rawfile,folderout,msconvert_path,notintern=FALSE,use_format="mzXML"){
##########################################################################
# checks & setups ########################################################
if(nchar(Sys.which("msconvert")[[1]])==0){
cat("msconvert not in system path - ok if msconvert_path correct")
}
if(
sum(substr(rawfile,nchar(rawfile)-3,nchar(rawfile))!=".RAW",substr(rawfile,nchar(rawfile)-3,nchar(rawfile))!=".raw")!=1
){stop("rawfile not a .RAW file")}
##########################################################################
# convert ################################################################
there2<-paste(" -o ",shQuote(folderout),sep="");
filtered0<-paste(shQuote("--"),use_format,sep="")
filtered1<-paste(" --filter ",shQuote("peakPicking true 1"),sep="")
filtered2<-paste(" --filter ",shQuote("msLevel 1"),sep="")
system(
paste(
shQuote(msconvert_path),
shQuote(rawfile),
filtered0,
filtered1,
filtered2,
there2
)
,intern=notintern)
##########################################################################
}
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.