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In charlotterich/immunarch_code: Painless Bioinformatics Analysis of T-Cell and B-Cell Immune Repertoires in R

data(genesegments, envir=environment())
data(aaproperties, envir=environment())



#' Gene segments table.
#'
#' @name gene_segments
#'
#' @aliases gene_segments genes segments GENE_SEGMENTS
NULL


#' Tables with amino acid properties
#'
#' @name aa_properties
#'
#' @aliases aa_properties properties kidera KIDERA aa_prop AA_PROP atchley ATCHLEY
NULL


#' Amino acid / codon table
#'
#' @docType data
#'
#' @name aa_table
#'
#' @aliases AA_TABLE AA_TABLE_REVERSED
AA_TABLE <- table(c('TCA', 'TCG', 'TCC', 'TCT', 'TTT', 'TTC', 'TTA', 'TTG', 'TAT', 'TAC', 'TAA', 'TAG', 'TGT',
                    'TGC', 'TGA', 'TGG', 'CTA', 'CTG', 'CTC', 'CTT', 'CCA', 'CCG', 'CCC', 'CCT', 'CAT', 'CAC',
                    'CAA', 'CAG', 'CGA', 'CGG', 'CGC', 'CGT', 'ATT', 'ATC', 'ATA', 'ATG', 'ACA', 'ACG', 'ACC',
                    'ACT', 'AAT', 'AAC', 'AAA', 'AAG', 'AGT', 'AGC', 'AGA', 'AGG', 'GTA', 'GTG', 'GTC', 'GTT',
                    'GCA', 'GCG', 'GCC', 'GCT', 'GAT', 'GAC', 'GAA', 'GAG', 'GGA', 'GGG', 'GGC', 'GGT', 'NNN'))
AA_TABLE[c('TCA', 'TCG', 'TCC', 'TCT', 'TTT', 'TTC', 'TTA', 'TTG', 'TAT', 'TAC', 'TAA', 'TAG', 'TGT',
           'TGC', 'TGA', 'TGG', 'CTA', 'CTG', 'CTC', 'CTT', 'CCA', 'CCG', 'CCC', 'CCT', 'CAT', 'CAC',
           'CAA', 'CAG', 'CGA', 'CGG', 'CGC', 'CGT', 'ATT', 'ATC', 'ATA', 'ATG', 'ACA', 'ACG', 'ACC',
           'ACT', 'AAT', 'AAC', 'AAA', 'AAG', 'AGT', 'AGC', 'AGA', 'AGG', 'GTA', 'GTG', 'GTC', 'GTT',
           'GCA', 'GCG', 'GCC', 'GCT', 'GAT', 'GAC', 'GAA', 'GAG', 'GGA', 'GGG', 'GGC', 'GGT', 'NNN')] <- c('S', 'S', 'S', 'S', 'F', 'F', 'L', 'L', 'Y', 'Y', '*', '*', 'C', 'C', '*',
                                                                                                            'W', 'L', 'L', 'L', 'L', 'P', 'P', 'P', 'P', 'H', 'H', 'Q', 'Q', 'R', 'R',
                                                                                                            'R', 'R', 'I', 'I', 'I', 'M', 'T', 'T', 'T', 'T', 'N', 'N', 'K', 'K', 'S',
                                                                                                            'S', 'R', 'R', 'V', 'V', 'V', 'V', 'A', 'A', 'A', 'A', 'D', 'D', 'E', 'E',
                                                                                                            'G', 'G', 'G', 'G', '~')
AA_TABLE_REVERSED <- sapply(unique(AA_TABLE), function (aa) { names(AA_TABLE)[AA_TABLE == aa] })
AA_TABLE_REVERSED <- AA_TABLE_REVERSED[order(names(AA_TABLE_REVERSED))]