tests/testthat/test-2-getMutations.R

In drake69/semseeker: Stochastic Epigenetic Mutations SEM Seeker

testthat::test_that(" semseeker:::mutations_get",{

  tempFolder <- tempFolders[1]
  tempFolders <- tempFolders[-1]
  ssEnv <- semseeker:::init_env(tempFolder)

  ####################################################################################

  mutations <-  semseeker:::mutations_get(
               values = methylation_data[,1],
               figure = "HYPO",
               thresholds = thresholds,
               probe_features = probe_features,
               sampleName = mySampleSheet[1,"Sample_ID"]
               )

  expect_false(length(mutations)==0)

  ####################################################################################
  unlink(tempFolder, recursive = TRUE)
  semseeker:::close_env()
})