GEDItools:

# Description: temporal develomnt in deciduous forest
# Author: Alice Ziegler
# Date: 2020-06-10 18:16:14
# to do:
rm(list=ls())

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###Presettings
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###load packages
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library(rGedi)
library(raster)
library(sf)
library(ggplot2)
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###set paths
#####
setwd(dirname(rstudioapi::getSourceEditorContext()[[2]]))
sub <- "/"
inpath <- "../data/"
outpath <- paste0("../data/", sub)

#####
###read files
#####
gedi_sf <- readRDS(paste0("C:/Users/Alice/Uni/Projekte/GEDI/data/rGEDI_2B_clipped/bv_df_sf.rds"))
corine <- raster(paste0("C:/Users/Alice/Uni/Projekte/GEDI/data/CORINE/",
                        "83684d24c50f069b613e0dc8e12529b893dc172f/u2018_clc2018_v2020_20u1_raster100m/",
                        "u2018_clc2018_v2020_20u1_raster100m/DATA/U2018_CLC2018_V2020_20u1.tif"))
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###Settings
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gedi_weird_crs_extent <- st_transform(gedi_sf, crs = paste0("+proj=laea +lat_0=52 +lon_0=10 +x_0=4321000 ",
                                                            "+y_0=3210000 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 ",
                                                            "+units=m +no_defs"))
corine_clp <- crop(corine, gedi_weird_crs_extent)

plot(corine_clp, col = rainbow(30))

hsv.hue <- data.frame(hue1 = seq(0, 1, length.out = 30),
                      hue2 = seq(0, 1, length.out = 30),
                      hue3 = seq(0, 1, length.out = 30),
                      hue4 = rep(1, 30),
                      hue5 = rep(1, 30))
hsv.sat <- data.frame(sat1 = rep(1, 12),
                      sat2 = rep(0.5, 12),
                      sat3 = rep(1, 12),
                      sat4 = seq(0, 1, length.out = 12),
                      sat5 = rep(1, 12))
hsv.val <- data.frame(val1 = rep(1, 12),
                      val2 = rep(1, 12),
                      val3 = rep(0.5, 12),
                      val4 = rep(1, 12),
                      val5 = seq(0, 1, length.out = 12))
plot(corine_clp, col = hsv(h = hsv.hue[,1], s = hsv.sat[,1], v = hsv.val[,1]))
writeRaster(corine_clp, filename = "C:/Users/Alice/Uni/Projekte/GEDI/data/CORINE/corine_clp.tif")
plot(gedi_weird_crs_extent, add = T, col = gedi_weird_crs_extent$pai)

ex_corine <- extract(x = corine, y = gedi_sf)

gedi_sf$corine <- ex_corine

gedi_dec <- gedi_sf[gedi_sf$corine == 25,] # not number of landuse, but of gridcode: http://clc.gios.gov.pl/doc/clc/CLC_Legend_EN.pdf

# 23 # laubwald
# 24 # nadelald
# 25 # mischwald
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###Do it (Don't change anything past this point except you know what you are doing!) ###
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ggplot(gedi_dec, aes(x=as.character(date), y=pai)) +
  geom_boxplot()+
  theme(axis.text.x = element_text(angle= 90))

hist(gedi_dec$pai[gedi_dec$date == "2019-05-22"])