R/sykehjem_fig2.R

In folkehelseinstituttet/dashboards_noispiah: Prevalensundersokelser av helsetjenesteassosierte infeksjoner og antibiotikabruk, NOIS-PIAH

#' Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaTilForebyggingOgBehandlingPerIndikasjon
#' @param data a
#' @param arg a
#' @import data.table
#' @import ggplot2
#' @export
Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaTilForebyggingOgBehandlingPerIndikasjon <- function(
                                                                                      data,
                                                                                      arg) {
  # data <- plan$data_get()
  # arg <- plan$analysis_get("sykehjem_fig2")$arg

  tab <- Data_ForskrivningerAvAntibiotikaTilForebyggingOgBehandling(
    data = data,
    arg = arg
  )

  if (nrow(tab) == 0) {
    return(no_data_graph())
  }
  tab[, denom := sum(n)]
  tab[, catFill := forebyggVsBehandOgMethVsAndre]
  tab[, nFill := sum(n), by = catFill]
  tab[, labFill := sprintf("%s (n=%s)", catFill, nFill)]

  skeleton <- data.table(
    catFill = c(
      "Forebygging metenamin",
      "Forebygging andre antibiotika",
      "Behandling metenamin",
      "Behandling andre antibiotika"
    )
  )
  ordering <- unique(tab[, c("labFill", "catFill")])
  ordering <- merge(skeleton, ordering, by = "catFill", all = T)
  ordering[is.na(labFill), labFill := glue::glue("{catFill} (n=0)", catFill = catFill)]
  ordering[, catFill := factor(catFill, levels = c(
    "Forebygging metenamin",
    "Forebygging andre antibiotika",
    "Behandling metenamin",
    "Behandling andre antibiotika"
  ))]
  setorder(ordering, -catFill)
  tab[, labFill := factor(labFill, levels = ordering$labFill)]

  tab[, catX := IndikasjonCategory]
  tab[, nX := sum(n), by = catX]
  tab[, labX := sprintf("%s (n=%s)", catX, nX)]

  tab[, total_height := sum(n / denom), by = .(labX)]

  ordering <- unique(tab[, c("labX", "catX", "nX")])
  setorder(ordering, nX, catX)
  tab[, labX := factor(labX, levels = ordering$labX)]

  q <- ggplot(tab, aes(x = labX, y = n / denom, fill = labFill))
  q <- q + geom_col(colour = "black", alpha = 1)
  q <- q + scale_fill_manual("",
    values = c(
      "blue",
      "darkgreen",
      "yellow",
      "purple"
    ),
    drop = F, guide = guide_legend(ncol = 2, byrow = T, reverse = T)
  )
  q <- q + scale_x_discrete("Indikasjon (n=antall forskrivninger)")
  q <- q + scale_y_continuous(sprintf("Andel (%%) av forskrivninger til\nforebygging og behandling (n=%s)", sum(tab$n)),
    labels = scales::percent,
    expand = c(0, 0),
    limits = c(0, max(tab$total_height) * 1.1)
  )
  q <- q + coord_flip()
  q <- q + fhiplot::theme_fhi_lines()
  q <- q + theme(legend.position = "bottom")
  lemon::grid_arrange_shared_legend(q, plot = F)
}