R/sykehjem_fig3.R

In folkehelseinstituttet/dashboards_noispiah: Prevalensundersokelser av helsetjenesteassosierte infeksjoner og antibiotikabruk, NOIS-PIAH

#' Data_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon
#' @param data a
#' @param arg a
#' @import data.table
#' @importFrom readxl read_excel
#' @importFrom RAWmisc RecodeDT
#' @export Data_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon
Data_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon <- function(
                                                          data,
                                                          arg) {
  . <- NULL

  temp <- data$da[PrevalensDato == arg$DATE_USE & !is.na(forebyggingVsBehandling)]
  if (arg$with_metenamin) {
    temp[, antibiotics := ABBredMethAndre]
  } else {
    temp[, antibiotics := ABBredAndre]
  }

  tab <- temp[forebyggingVsBehandling == "Behandling", .(n = .N), by = .(
    IndikasjonCategory,
    forebyggVsBehandOgMethVsAndre,
    ATCSubstans,
    antibiotics,
    forebyggingVsBehandling
  )]
  tab[, denom := sum(n), by = IndikasjonCategory]

  return(tab)
}


#' Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon
#' @param data a
#' @param arg a
#' @import data.table
#' @import ggplot2
#' @importFrom stats reorder
#' @export
Figure_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon <- function(
                                                            data,
                                                            arg) {
  tab <- Data_ForskrivningerAvAntibiotikaPerIndikasjon(
    data = data,
    arg = arg
  )[IndikasjonCategory == arg$indikasjon]

  if (nrow(tab) == 0) {
    return(no_data_graph())
  }
  tab[, xLab := sprintf("%s (n=%s)", ATCSubstans, n)]
  tab[, denom := sum(n), by = IndikasjonCategory]
  tab[, sorting := sum(n), by = xLab]

  if (arg$with_metenamin) {
    tab[, antibiotics := factor(
      antibiotics,
      levels = c(
        "Metenamin",
        "bredspektrede antibiotika",
        "andre antibiotika"
      ),
      labels = c(
        "Metenamin",
        "Bredspektrede antibiotika",
        "Andre antibiotika"
      )
    )]

    fill_vals <- c("green", "orange", "blue")
  } else {
    tab[, antibiotics := factor(
      antibiotics,
      levels = c(
        "bredspektrede antibiotika",
        "andre antibiotika"
      ),
      labels = c(
        "Bredspektrede antibiotika",
        "Andre antibiotika"
      )
    )]

    fill_vals <- c("orange", "blue")
  }

  tab[, total_height := sum(n / denom), by = .(xLab)]

  q <- ggplot(tab, aes(x = reorder(xLab, sorting), y = n / denom, fill = antibiotics))
  q <- q + geom_col(colour = "black", alpha = 1)
  q <- q + scale_fill_manual("",
    values = fill_vals,
    drop = F, guide = guide_legend(ncol = length(fill_vals), byrow = T, reverse = F)
  )
  q <- q + scale_x_discrete("Antibiotika (virkestoff (n=antall forskrivninger))")
  q <- q + scale_y_continuous(
    sprintf(
      "Andel (%%) av forskrivninger til behandling\nav %ser (n=%s)",
      tolower(arg$display_name),
      sum(tab$n)
    ),
    labels = scales::percent,
    expand = c(0, 0),
    limits = c(0, max(tab$total_height) * 1.1)
  )
  q <- q + labs(main = "Prevalens av helsetjenesteassosierte infeksjoner etter avdelingstype")
  q <- q + coord_flip()
  q <- q + fhiplot::theme_fhi_lines()
  q <- q + theme(legend.position = "bottom")
  # q <- q + labs(caption="\n\n\n\n\n\n")
  # q <- q + theme(legend.position=c(0.0,-0.13),
  #          legend.justification=c(0.5, 1),
  #          legend.box.margin=margin(c(0,0,0,00)),
  #          legend.direction="horizontal")
  q
}