26 de fevereiro de 2025
No SourceForge:
Pacote em R para a classificação de códigos da CID-10 (Classificação
Internacional de Doenças, 10ª Revisão) segundo a Lista Brasileira de
Internações por Condições Sensíveis à Atenção Primária (ICSAP). É
particularmente voltado ao trabalho com as bases de dados do Sistema de
Informações Hospitalares do SUS, o Sistema Único de Saúde brasileiro.
Tais bases (BD-SIH/SUS) contêm os “arquivos da AIH” (RD??????.DBC
),
que podem ser expandidos para o formato DBF (RD??????.DBF
), com as
informações de cada hospitalização ocorrida pelo SUS num período
determinado. Assim, embora o pacote permita a classificação de qualquer
listagem de códigos da CID-10, tem também algumas funcionalidades para
facilitar o trabalho com os “arquivos da AIH” e, atualmente, do Sistema
de Informações sobre Mortalidade (SIM). Inclui ainda as estimativas e
contagens populacionais por sexo e faixa etária para os municípios
brasileiros, de 2012 a 2024.
A hospitalização por CSAP é um indicador da efetividade do sistema de saúde em sua primeira instância de atenção, uma vez que a internação por tais condições —pneumonia, infecção urinária, sarampo, diabetes etc.— só acontecerá se houver uma falha do sistema nesse âmbito de atenção, seja por não prevenir a ocorrência da doença (caso das doenças evitáveis por vacinação, como o sarampo), não diagnosticá-la ou tratá-la a tempo (como na pneumonia ou infeccão urinária) ou por falhar no seu controle clínico (como é o caso da diabete). (Nedel et al. 2011)
O Ministério da Saúde brasileiro estabeleceu em 2008, após amplo processo de validação, uma lista com várias causas de internação hospitalar consideradas CSAP, definindo em portaria a Lista Brasileira. (Brasil. Ministério da Saúde. Secretaria de Atenção à Saúde 2008; Alfradique et al. 2009) A Lista envolve vários códigos da CID-10 e classifica as CSAP em 19 subgrupos de causa, o que torna complexa e trabalhosa a sua decodificação. Há alguns anos o Departamento de Informática do SUS (DATASUS) incluiu em seu excelente programa de tabulação de dados TabWin a opção de tabulação por essas causas, apresentando sua frequência segundo a tabela definida pelo usuário.
Entretanto, muitas vezes a pesquisa exige a classificação de cada internação individual como uma variável na base de dados. (Nedel et al. 2008)
A última versão lançada do pacote pode ser instalada no R:
baixando o arquivo de instalação no
SourceForge e depois
instalando, com a IDE de preferência ou com o comando
install.packages("csapAIH_<versão>.tar.gz")
(em Linux ou Mac) ou
install.packages("csapAIH_<versão>.zip")
(em Windows); ou
com a função install.packages()
sobre o link da última versão no
SourceForge:
install.packages("https://sourceforge.net/projects/csapaih/files/latest/download", type = "source", repos = NULL)
A versão em desenvolvimento pode ser instalada através do pacote
remotes
sobre os arquivos-fonte no
GitHub:
# install.packages("remotes") # desnecessário se o pacote já estiver instalado
remotes::install_github("fulvionedel/csapAIH")
Na sua primeira versão (Nedel 2017), o pacote
csapAIH
continha apenas uma função, homônima: csapAIH
.
Na versão 0.0.2, foram acrescentadas as funções descreveCSAP
,
desenhaCSAP
e nomesgruposCSAP
, para a representação gráfica e
tabular das CSAP pela lista brasileira. Esta versão também permite a
leitura de arquivos da AIH em formato .DBC, sem necessidade de prévia
expansão a .DBF. Isso é possível pelo uso do pacote read.dbc
, de
Daniela Petruzalek
(https://cran.r-project.org/web/packages/read.dbc/index.html).
A partir da versão 0.0.3 (Nedel 2019), a função
desenhaCSAP
permite o detalhamento do gráfico por categorias de outros
fatores do banco de dados, com o uso das funções facet_wrap()
e
facet_grid()
, de ggplot2
, e permite ainda o desenho de gráficos com
as funções básicas, sem a instalação do pacote ggplot2
. Foi ainda
criada uma função para o cálculo da idade nos arquivos da AIH: a função
idadeSUS
é usada internamente por csapAIH
e pode ser chamada pelo
usuário para calcular a idade sem a necessidade de classificar as CSAP.
Na versão 0.0.4, a função csapAIH
oferece a opção de classificação das
CSAP em 20 grupos de causa, conforme proposto no processo de construção
da Lista Brasileira (Alfradique et al. 2009).
Essa é a lista sugerida pela Organização Panamericana da Saúde
(Organización Panamericana de la Salud (OPS) 2014). As
funções desenhaCSAP
e tabCSAP
têm um argumento para seleção do
idioma dos nomes de grupos, em português (pt
, padrão), espanhol (es
)
ou inglês (en
). Foram criadas as funções ler_popbr
e
popbr2000_2021
(esta sobre o pacote
brpop de R. Saldanha
(2022)) para acesso às estimativas populacionais
publicadas pelo DATASUS e funções para categorização da idade em faixas
etárias. Foi ainda criada uma função (fetchcsap
) a partir da função
fetchdatasus
do pacote microdatasus
(R. de F. Saldanha, Bastos, and
Barcellos 2019), para ler os arquivos no site FTP do
DATASUS e classificar as CSAP em um único comando. Foram criadas outras
funções para facilitar o manejo e apresentação de dados em estudos
ecológicos, como a categorização da idade em faixas etárias
(fxetar_quinq
e fxetar3g
) e a identificação dos diagnósticos de
parto (partos
), particularmente para o Brasil e os arquivos do
DATASUS, como a listagem das Unidades da Federação do país (ufbr
) e a
lista de procedimentos obstétricos em internações por eventos não
mórbidos (procobst
). A v0.0.4.5 corrige um erro introduzido na
v0.0.4.4 em csapAIH
, em que a variável csap
registrava todos os
casos como “não” (embora estivessem classificados corretamente na
variável grupo
). A v0.0.4.6 corrige um erro em ler_popbr()
e,
principalmente, acrescenta a possibilidade de leitura dos arquivos com
as estimativas populacionais atualizadas após o Censo 2022 do IBGE, além
de incluir novas possiblidades em nomesgruposCSAP()
. A atualização de
ler_popbr
foi a razão de lançamento dessa versão do pacote, mas depois
percebi que o código IBGE do município vinha com sete dígitos, diferente
de tudo o mais no DATASUS e então atualizei a função e lancei nova
versão do pacote. A diferença da nova versão, v0.0.4.7, está apenas
nessa atualização.
A ajuda sobre o pacote oferece mais detalhes sobre as funções e seu uso.
Veja no
manual
ou, no R, com ?'csapAIH-package'
.
A leitura de arquivos .DBC exige a instalação prévia do pacote
read.dbc
(Petruzalek 2016). Sua falta não impede o funcionamento
das demais funções do pacote (inclusive de leitura de arquivos em outro
formato). Da mesma forma, popbr2000_2021
exige a instalação do
pacotebrpop
(mas a função é
mantida apenas para documentação) e fetchcsap
exige a instalação do
pacote microdatasus
.
A função desenhaCSAP
tem melhor desempenho com o pacote ggplot2
instalado, mas sua instalação não é necessária para que ela funcione.
A função popbr2000_2021
usa o pacote
dplyr
, que é importado. O
pacote haven
também é
importado. A partir da v0.0.4.4
Hmisc
não
é mais.
Veja o manual do pacote em: https://github.com/fulvionedel/csapAIH/blob/master/inst/manual/csapAIH_0.0.4.7.pdf
Agradeço a todxs os usuárixs do pacote, particularmente a quem informa problemas e sugere mudanças, como @laiovictor e @igortadeu @rafadbarros, e (muito!!) a quem apresenta soluções, como @denis-or.
E, sempre, meus profundos agradecimentos a
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